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桃花島的武學本就源自逍遙派，黃藥師沒有全部學習石室中的武功，只是將其絨入桃花島的武功中，使桃花島武功提升了一大檔次，黃藥師的武學也提升了一大層次。如果現在舉行第三次華山論劍。其他四人皆不是黃藥師的對手。
北冥既爲北海，既然是海。也就是暗喻丹田氣海，氣海中真氣液化便能夠破碎虛空。黃藥師在所有武功中選擇了《北冥神功》研習，成效非常顯著，最明顯的就是他的外貌。姚黃第一次見黃藥師，他的外表是一個五十歲左右的老者（實際年紀肯定不止，皆因爲內功高深才使得他的外表看起來比實際年紀小），如今修煉了《北冥神功》後，黃藥師體內的內功全部轉化成北冥真氣，他的身體機能和活性被北冥真氣調整了，整個人如今最多三十多歲，一下子年輕了二十歲，看起來比郭靖還要年輕。
楊過對劍更感興趣，這麼多武功中，他選擇了《六脈神劍》學習；小包子喜歡五行八卦，自然選擇了《凌波微步》；姚黃最是貪心，把所有的武學都拓印了一份放在空間裏，她知道貪多嚼不爛，便重點研習天山折梅手，順便向黃藥師討教了蘭花拂穴手。
四個人在飄渺峯上住了半年，半年後，衆人武功全部提升了一個大臺階，憋了半年的四個人終於下山了。半年裏，三個小的變化最大，長高不用說了，楊過和姚黃的五官已經長開，雖然臉上還殘存着幾分稚氣，但裝扮起來也有了大人的模樣。再加上變年輕了黃藥師，四個人返回關內的話，不會被丐幫的人認出來。
黃藥師也看出來了，姚黃那丫頭心裏面早有計劃，再加上她肚子裏面不知道裝了多少武林典故，去的每一個地方都是典故中門派與大俠們隱居或曾經住過的地方，都能從其中得到或多或少的好處，便也不發表意見，只跟在姚黃的身後，進行他們的“挖寶”活動。
幾個人回到關內後帶着被寄養在農戶人家的傻故一路往東，走遍了大半個河山，最終停留在了獨孤求敗的劍魔谷。黃藥師被獨孤求敗只求一敗的狂傲所折服，認真研究了獨孤求敗所遺留下來的劍之意境後嘆息自己爲什麼不早生幾十年，也能夠與這絕世劍客一戰。楊過和小包子與神鵰成爲了好朋友，楊過更是如原著般被神鵰選中成爲了獨孤求敗的繼承人，兩個小的在神鵰的督促下，武功一日千里。
黃藥師已經決定在劍魔谷隱居，他帶着姚黃幾人建了幾座小木屋，又帶着小包子將周圍的樹木設置成陣法，更是移栽了許多的桃花樹種在山谷外面，將山谷一片佈置成另外一個桃花島。姚黃偶爾抓一隻菩斯曲蛇給衆人燉了喫，爲衆人的內力增長補充一點點功用。
黃藥師其實是一個老宅男，在谷中安定下來後，他便開始研究從靈鷲宮帶出的各種書籍，這些書許多都是孤本，在百年後的幾天，幾乎已經絕跡，黃藥師自然愛不釋手。傻姑是個大孩子，每天跟着小過和小包子在樹林裏面玩耍，偶爾跟姚黃幾人去襄陽城玩。
