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然而，保守这个秘密就意味着要付出沉重的代价，作为31部队的最高指挥官，石井四郎做出了一个极端的决定，就是要求所有涉及到731部队的人员销毁所有资料，炸毁研究基地，并且全部自杀。而这个命令所涉及的部队，不仅仅是位于哈尔滨的731部队，也包括了其他分布于中国各地的细菌武器研究部队，自然也包括了松本武夫所在的3357部队。
但是在命令下达以后，各支部队内部掀起了惊涛骇浪般的抵制情绪，因为这些部队里很多成员都并非真正意义上的日本军人，所以他们纷纷拒绝服从石井四郎的命令，要求携带家属回到日本。因此，石井四郎也做出了妥协，要求离开的研究人员和家属必须携带一颗氰化物毒药，以防被抓后套出从事细菌武器研究的秘密，而且在回到日本后，更要严格遵守保密规定，决不能将这些事泄露出一丝一毫，并且不允许这些人在从事公职。
对于日本的战败，山本佑西并没有表现出多少失望和懊恼，他是世家子弟，而且是独子，所以即使不能够继续从事学术研究，他也有庞大的家族产业可以继承，所以不管是载誉而归还是溃败撤军，总之只要能回到日本他就满足了。
于是接到撤退命令以后，山本佑西命人用水泥和混凝土封闭了连接基地与水丰水库大坝的出入口，销毁了基地里所有的研究记录和病毒样本。不过担心回国后军部有可能进行审查盘问，山本佑西还是留下了一小部分已经休眠了的拉弥亚病毒的样本。
但是不知是出于什么考虑，对于那些自己千辛万苦提纯出来的红色苔藓溶液，山本佑西并没有舍得把它们一起销毁，而是装进了一个密封的铝制罐子，为了有适合的温度可以让它长期存活，他还把罐子沉入了坑底泉眼下的温泉水中。
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