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他不但在學校裏認真學習老師們講授的內容，還利用課外時間大量閱讀一些他認爲對自己有用的書籍。當孤兒院裏其他小朋友們都在成羣結隊玩耍的時候，他卻經常一個人獨坐在角落裏，津津有味地看着與他年齡段不相符的各種物理書籍。他的頭腦本來就非常聰明，再加上如此刻苦用功，所以他在學校的學習成績一直都十分優異，每次考試都是第一名。他的知識量也在這個過程中日趨豐富，懂得的知識遠比同齡人多得多，尤其是理工科方面的知識。而且，他還嘗試着將學到知識運用到實踐當中，經常做一些有趣的小發明、小創作，其中不少作品還獲得了獎項。
就這樣，在心無旁騖地學習中，他度過了平靜而又單純的童年時光。隨後，他邁入少年時代，上了初中。
從初中開始，他的生活發生了巨大的變化，不再像小學時候那樣安寧，每天都麻煩不斷。而他所有的麻煩全部都來源於孤兒院裏那羣與他年齡相仿、正處於叛逆期的同伴們。那些同伴們把他選爲了霸凌的對象。
由於他才華出衆，總是得到孤兒院裏大人們的偏愛和讚賞，引起了那羣備受冷落、受盡白眼的同伴們的強烈嫉妒，再加上他獨來獨往的孤傲個性，更是令他們對他沒有好感。於是，在積蓄已久的怨念驅使下，他們結羣對他進行霸凌，以宣泄心中的不滿。他們用盡各種方法使他難堪，讓他難受，比如把他的衣服偷偷藏起來，或將他心愛的書籍扔進馬桶裏，或在他的凳子上塗膠水，或在他的鞋子裏放釘子，或在黑板上寫侮辱的言語，等等。儘管他已經多次向院長投訴，但因爲他們每次都是合謀串通起來對付他的，所以他難以找到指證他們惡劣行爲的證據或證人，院長也無法懲處他們。
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後來，終於忍無可忍的他，決定不顧一切要對他們發起報復。然而，很不幸的，由於一些意外的原因，他不但沒有報復成功，反而釀成了一場讓他悔恨終生的悲劇。
在那次悲劇之後，同伴們對他的霸凌更加變本加厲，經常圍毆他、折磨他，有時候甚至想將他置之死地。而他的想法也改變了，不再嘗試去反擊他們，而是想方設法地躲避他們。也正因爲如此，在每天的防範和躲藏中，他不知不覺地提高了自己的警覺性和應變能力。在面對各種危險時，他都能夠冷靜沉着地應對，不至於驚慌失措。
之後，他在偶然的機會下，發現了這棟離他所在的孤兒院不遠的偏僻廢棄工廠。他在工廠裏面查看了一番後，覺得這個地方很適合藏身。於是便開始利用從垃圾場裏搜尋得來的一些破舊的傢俱和機械工具，逐步對工廠裏面的辦公室進行改造佈置，以作爲他另一處居住的地方。這樣一來，他就不用從早到晚與那羣同伴們共處，受到他們不斷地騷擾了。
對於他來說，這個“祕密住所”雖然破敗不堪，但卻是一個完全屬於他自己的天地。這個地方給他提供了溫暖和保護，讓他不用再擔驚受怕，可以安心地學習和休息，享受着平靜的時光。慢慢地，他把這個地方完全當作了自己的家，每天除了上課之外，其餘的大部分時間都在這裏度過。
後來，就這樣日復一日，幾年時間轉眼過去了，他高中畢業了。經過多年的努力，他終於如願以償考上了東京綜合大學的物理系，成爲與他有着相同夢想的八神谷教授的學生。此後，由於要在大學裏忙於學習和研究，他就再也沒有時間回來過這裏了。
