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除了計算力和能量支持，材料也是一個關鍵因素。可編程原子不可能無中生有的產生物質，所以它需要材料。但是，因爲已經可以進行原子級別的重組，所以可編程原子理論上可以組成任何化合物結構，但是卻無法改變原子結構。也就是說，可編程原子無法用鐵原子合成黃金，但只要再提供別的輔助原子，它就可以組成任何一種合金結構。
因爲這種特點，可編程原子修復船體需要轉換一定量的外界物質。當然，新星號因爲有這種功能，所以會額外帶上一些材料作爲備用，但是如果備用材料耗盡，也不是說就沒辦法了。可編程原子其實可以分解任何物質，只要停在某個星球表面，或者小行星，它們就可以像是行軍蟻蠶食大型生物一樣分解掉星體表面的物質並選出有用的元素加以轉化。
只要以上三點條件都能正常運作，那麼新星號就可以無限再生，不管損傷程度多高都一樣。而且損傷越小，修復越快。
目前新星號內部的八個龍族成員都在，能量也算夠用，而且穿體內的備用修復物質還沒有用完，所以修復速度相當快，這一路打過來也不過就不到半小時而已，那個洞口就已經只剩下一個可以過私家車的小洞了。算上洞口變小之後恢復加快的部分，剩下的部分應該可以在十幾分鍾之內完全恢復。
當然，新恢復的位置強度會比別的地方弱一點。倒不是恢復材料的問題，而是因爲修補原理的問題。可編程原子在修復過程中會先編織出類似金屬網一樣的東西，然後編織第二層網格，逐漸向前堆積，最後組成分子級的網孔結構封堵漏洞修復原有結構。在這個網眼結構完成後，功能其實就已經基本恢復了，而且肉眼看不出任何的問題。但這個時候材料本身內部其實全都是洞，所以結構強度其實達不到原先的標準，但至少能用了。
在這一步緊急補充修理完成之後，可編程原子纔會開始一點點的往網格的縫隙之中填充材料並完全封堵缺口，只有等到這一部做完，材料強度纔會恢復之前的水平。不過這種時候外面的防禦依然不會達到原來的標準，因爲可編程原子恢復的部分只有船體結構和內部的設備，而新星號外面的防護裝甲則是一層真正的生物裝甲。
這層金閃閃的生物裝甲就是一種真真的生命體了，和船體本身沒有任何生物意識的可編程原子不一樣，這層生命體有類似於軟體動物級別的思維能力。它是活的，有生命，可以對外部刺激做出一定的反應。雖然智力水平幾乎等於沒有，但這畢竟是生命體。
這個生物裝甲雖然看起來金光閃閃，好像是金屬，但其實它卻是一種真正的生命體，只不過它屬於混合生命體，不能簡單的認爲是硅基生命或者碳基生命，它是一種人造的獨立生命體系。
這東西的防護能力遠超可編程原子合成的金屬裝甲，而且還自帶護盾，並且生物裝甲的護盾不會干擾護盾發生器產生的護盾，因此新星號實際上有兩層護盾。這就是爲什麼新星號能和以攻高血厚著稱的戰列艦對轟，結果還打贏了的主要原因。
