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其實，當初朱元璋設立監察院，並且在地方設立提刑司的目的，也就是要將行政權與司法權分離。不過，朱元璋做得並不徹底。在他的政府裏，行政權遠遠高於司法權。比如，在取消了中書省之後，吏部成爲了最重要的衙門，而吏部的職責是管理天下文官的任免，升遷等等事務。說白了，吏部的官員就是管理天下百官的，因此吏部官員也有“天官”之稱！這樣一來，行政與司法兩權仍然沒有分離，因爲司法官員也都由吏部任免，這怎麼分離？在這種情況下，各部官員，乃至監察院，大理寺等以司法爲主的部門的官員也都相互勾結，結黨營私，朱元璋當年苦心建立的政治制度，幾十年不到，就失效了。這也正是他沒有將行政與司法權完全分開造成的！
這次，朱祁鈺做得很徹底。要完全將行政與司法權分開，最直接，也是最重要的辦法就是提高司法部門的地位。以往，監察院的最高官員也就是四品，而大理寺卿也是四品，比起各部尚書，侍郎都差得很遠。讓四品官員去調查二品官員，這本身就不現實！另外，司法機構中，執法，檢察，審查三權並沒有分開，因此司法程序並不完善。最重要的是，執法大權掌握在政府官員手裏，也就是行政官員手裏，就算是審查與檢察這兩關能夠做好，執法不到位，那也是白搭！
朱祁鈺將監察院改爲了檢察院，並且將檢察院主檢察長提升爲正二品官員，由權調查政府一切官員。另外，將大理寺改組爲最高法院，主掌審查權，任何重大案件都必須經大理寺審覈，才能最終定案。而大理寺卿也被提升爲正二品，極大的提高了司法機構的權威！
最重要的是，朱祁鈺將執法權從地方行政官員手裏奪了下來，單獨成立執法部門，即警察總局！最初的警察人選其實就是從錦衣衛裏挑出來的。另外還在政府中專門設立了警察部（後改名公安部）。這就讓執法這一層成爲了司法與行政兩大機構中的一個過渡部門，執法官員既是行政官員，也是司法官員，其雙重身份，決定了其重要性！
成立了最高法院（下直屬各省，府，縣地方法院），最高檢察院（下直屬各省，府，縣地方檢察院），警察部之後，朱祁鈺就已經將行政與司法完全分開了。而這對當時的朝廷官員（也就是後來的行政官員）來說，絕不見得是件好事。畢竟，多年以來，司法權都在他們的掌握之中，是他們用來對付百姓的武器。現在，這把武器被朱祁鈺奪走了，反而將矛頭對準了他們，這些官員能安心嗎？
可以說，改組行政部門是麻煩最大的事情。在朱祁鈺之前，大明的行政權主要集中在了以吏部爲首的中央六部手裏，其中，戶部總管天下戶籍，田土，資源等。禮部總管禮儀，祭祀，以及外交。兵部總管軍隊事務。工部總管軍器製造，防洪防汛，道路建設等。刑部總管司法等。
現在將司法大權分了出去，且皇帝一手掌握了兵權，而商人也獲得了更大的權利。因此，兵部，公佈，刑部這三部已經名存實亡了！另外，吏部作爲總管官員人事安排的部門，在朱祁鈺的新政府中是沒有任何地位的（這也是爲了防止像王直這樣的人出現），禮部更是沒有任何的價值。中央六部的職權其實已經被削弱了很多！正是在這一基礎上，朱祁鈺再次分化各部門的權力，解散了六部，成立了十五個新的部門！
