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林羽與蘇瑤再次回到天庭，天帝有感於他們雖身處高位仍心繫凡間，特賜下神丹一枚，服下此丹可保凡間學堂永享太平。從此，學堂在神丹庇佑下愈發興盛，林羽和蘇瑤也安心在天庭履行護世濟世之責，他們的傳奇故事更加廣爲流傳。數百年過去，林羽和蘇瑤在天庭的功績越來越多，威望日隆。一日，天庭忽現異動，一股來自混沌深處的黑暗力量悄悄滲透進來，不少天兵天將受到侵蝕，行爲變得癲狂。天帝下令徹查此事，林羽和蘇瑤主動請纓。
他們順着氣息追查，發現這股黑暗力量竟源於一個古老的邪惡存在，它企圖吞噬天庭，進而統治三界。林羽和蘇瑤深知此次危險重重，但毫不退縮。
他們四處尋找剋制這股黑暗力量的方法，偶然得知天地初開之時遺留的聖物或許有用。歷經千辛萬苦找到聖物後，二人合力施展最強仙法，將聖物之力融入自身。
再戰邪惡存在時，他們以聖物之力淨化黑暗，經過一場驚心動魄的大戰，終於將其消滅。經此一役，天庭恢復安寧，林羽和蘇瑤成爲天庭的英雄，他們的名字被鐫刻在天庭最榮耀之處，永遠被銘記敬仰。林羽和蘇瑤成爲天庭英雄之後，日子看似平靜如水。然而，林羽卻總感覺心中隱隱不安。
一日，他獨自前往天池邊靜思。突然，池水中泛起奇異的漣漪，映出一些模糊的畫面，似是預示着未來又有大難將至。林羽趕忙找來蘇瑤一同查看。只見畫面中，人間大地乾裂，百姓流離失所，而天庭也是搖搖欲墜，彷彿有一種無形的力量正在抽取三界的生機。
兩人決定再下凡間探尋一番。剛到人間，便感受到一股壓抑的氣息。原來之前的戰鬥雖平息了邪惡存在，但其殘留的怨念匯聚成一種新的邪力，正悄無聲息地腐蝕着天地根基。
林羽和蘇瑤當即決定用自身的仙靈之氣去滋養受損之地。他們走遍山川河流，每到一處便施法補救。隨着仙靈之氣不斷消耗，他們身形漸虛，但看到天地逐漸恢復生機，臉上露出欣慰笑容，最後化作點點星芒消散在空中，他們用生命守護了三界。就在衆人以爲林羽和蘇瑤徹底消失的時候，天空中突然降下祥瑞之光。光芒之中，竟緩緩浮現出兩顆晶瑩剔透的種子。這兩顆種子散發着強大的生命力，它們隨風飄落，一顆落在了天庭的神樹之下，另一顆落入了人間的靈泉之中。
不久後，天庭的那顆種子生根發芽，長成了一棵散發着柔和光暈的小樹。它釋放出的能量慢慢修復着天庭曾經受到的創傷，並且增強着天庭的防護之力。
而人間的種子則成長爲一朵巨大的蓮花，蓮花盛開之時，聖潔的光輝灑遍大地，乾涸的土地變得肥沃，受災的百姓也重新過上了安穩的生活。
