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整個故事的主線，也逐漸明朗，當母體誕生時，出現了一個能夠隨意讓母體隨着他的意志而改變的人（黑客）。
除了人類最後的城市錫安外，從母體誕生的少數人類，都是被他所釋放的。
他死後，先知曾預言他會歸來，並帶領人類走出矩陣，重獲自由。
接下來的劇情其實很簡單了，恢復、強化，並且熟悉如何在矩陣中，讓自己以此爲基礎變得更強。
如何利用矩陣中的規則，顯然與現實是不同的，特警可以隨意借用矩陣中任何一個人類的身體，將其變爲自己，甚至可以完美地利用矩陣中的規則，在矩陣中，他們幾乎可以媲美神明。
不死、化身萬千、改變規則、操控時間，各種讓人匪夷所思的能力，一切的一切，都能辦到。
人類進入矩陣，所有遇到特警的，基本上都死了，解放人類之路，顯然極爲艱難。
而他們又需要進入其中，先拯救人的意識，才能拯救人的肉身，否則只能是一具沒有意識的軀殼。
看到這裏，基本上整個電影的世界觀也在所有觀衆腦海中有了個雛形：對於他們這些修士武者來說，這些人就是一羣科技樹點偏了，全程發展法器，卻不進化自身的羣體，這個世界中的人類製造出了極爲恐怖的人工智能法器，並且是一大羣，自己一手將自己送進了地獄。
單看製造出矩陣這種東西奴役這麼多人類就知道這些機器AI有多恐怖了。而現在，是這些“黑客”們的自我救贖之路。
