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實力強大了，地盤也有了，那麼擺在面前的就是各種各樣的問題，其首當其衝的就是部隊的指揮和整支義軍的結構。從一開始，朱怡成的義軍是以隊來進行編制的，但田文勇戰死後，原來的隊已名存實亡，義軍的最高指揮權都在朱怡成手裏，並由董大山和其他幾個老部下進行協助指揮。
這種指揮方式比較原始，而且不利於部隊的發展。再加上寧波佔據後雖然有狗頭軍師廖煥之協助，但真正的政治結構並未建立起來。這對於義軍的後續發展是非常不利的。
更重要的一點，打贏福建水師後，義軍上下已有了對朱怡成“勸進”的動靜，提着腦袋造反，其目的無非就是爲了升官發財和光宗耀祖，就算廖煥之這樣的人，既然投靠了朱怡成，他們也不願意沒有名份的當所謂的“軍師”。如此，整合義軍，建立構架和官職已迫在眉睫。
其實朱怡成這時候打出自己“監國”的身份來，改義軍爲明軍，那麼一切可以說水到渠成。堂堂大明監國殿下完全可以下旨封賞衆人，就如同當初袁奇給義軍諸頭領封爵許官一樣，這一套朱怡成並不陌生。
可對於表明身份，朱怡成心中還是有顧慮的，在義軍中真正知道他身份的人並不多，而且他一直是以洪強的身份示外，爲的就是不想太多引人矚目。
畢竟，一旦朱怡成打出大明監國的旗號，那麼整個天下必然震動，到時候寧波一地就成了大清王朝的關注點，可以想象無論是北京的康熙皇帝還是在江南的大阿哥，必然會捨棄其他義軍先滅朱怡成爲快。而這個結果也是朱怡成絕對不想看見的，這也是他一直隱藏身份不對外宣佈的原因。
考慮到這些，最終朱怡成還是選擇了另一個方案，那就是以大都督的名義在寧波開一個都督府，把整個自己勢力範圍全部納入都督府的管轄中，從近代的方式來講也就是成立軍政府，用軍政府手段來進行軍政管理。
這樣一來，既能解決文臣武將的封賞，也能用這種辦法調整義軍的指揮權，更能夠順利地對地方進行治政。而現在朱怡成就在紙上寫着一些官職，進行正式開府前的最後準備。
