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當然了，如今崇明新軍的全員還未到位，現在整軍只在一萬八千人左右，但這已經超過了不少各鎮之軍。
另外，新軍的編制也比之前各軍的編制更爲嚴密，按照兵部的兵制改革，全軍上下實施了實銜和虛銜並重的方式，按兵部方面的解釋，就是軍銜制。爲區別軍銜，調任的各將領重新授銜授職，比如張昭，實職爲守備，軍銜授承信校尉，在軍服上以兩顆銀星爲標註，看上去一目瞭然。
除此而外，全軍還以戚家軍的結構進行組建，並在其基礎上稍作改變。戚家軍的軍隊結構是以伍、隊、哨（旗）、司、局、營、部組成，在前後期略有變化，比如說局、營、部這些大編制在初期戚家軍是沒有的，而是在後來才逐漸設立，所以崇明新軍在其基礎上保留了最基本的伍、隊、哨、營着四個構成，然後在其上又設置了團、師、軍三階，各階軍事主官統一稱“長”，同實職類同，但僅限於新軍內部。
這種方式，也是朱怡成用來打造新式軍隊的一個試點。從這七階來看，幾乎相等於近代軍隊組成結構了。其中伍是最基礎機構，顧名思義一般以五人組成，而隊就等同於後世的排，哨爲連，營團等同後世相等，張昭身爲守備，又授承信校尉，是一團之長，其部約四千人左右，三團爲一師，二師爲一軍，再加一個炮團，全軍二萬五千人。
整支部隊的火器比例高得驚人，除去新軍中每團中各有一營暫時保留冷兵器外，其餘全部由火器組成。普通戰兵均持有火槍，而且這些火槍已從最初的火銃逐漸更換了最新研製出來的帶有膛線的隧發槍，這種槍在後世也被稱爲來福槍或者來復槍。
這種火槍精度高，射程遠，威力大。相比現在明軍所裝備的火銃而言強大許多，可這種槍也有着它的缺點，主要是因爲其膛線構造，彈子裝填比較麻煩，裝填時需用工具進行輔助，所以其射速要低於目前的火銃。
不過在經過一系列調整，並且對裝填和彈子的改造後，實施了定裝彈和基礎裝填步驟，其射速已提高不少，經過嚴格訓練的士兵，裝填和發射速度差不多能和目前火銃相等。
