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入夏之後，東南沿海捷報頻傳。四月，閩浙送來軍報，朱紈率兵由海門進軍，攻克倭寇巢穴雙嶼港，活捉倭人首領稽天及海盜許棟。
朱紈在奏摺中說，許棟本是大明人，爲走私資財和倭寇勾結。他糾集了一批遊民佔據雙嶼，造雙桅大船運載違禁貨物，甚至在船上配備了武裝火器，見了朝廷軍都敢開火，拒不停岸接受朝廷檢查。許棟自己造船，同樣給外來船隻提供港口，島上來往之人皆說倭語、西洋語，儼然一個獨立王國。
大明有海禁，許棟這種行爲不止觸犯海禁，更是公然挑釁朝廷軍威。皇帝准許了朱紈的請求，準他在市口將稽天、許棟公開斬首，並在雙嶼築塞，盤查來往船隻，堵擊倭寇。
雙嶼大捷後，戰報不斷傳來，每次都是小勝、大捷。朱紈請命討伐溫、盤、南麂諸賊，調動浙中衛所，連戰三月，上報大破敵軍，平息處州礦盜。九月，朱紈在捷報中稱佛郎機人到詔安搶劫，他生擒佛郎機國王三名，倭王一名，並逮捕了給外人引路的海盜九十六人，盡數誅殺於市。
佛郎機人是大明對西洋人的統稱，這些人金髮碧眼，高眉深目，和中原人長相迥異。朱紈在摺子中大罵沿海有內奸，他斬首佛郎機人時，許多勢豪之家替西洋人求情，甚至大批官僚都出面做說客。
朱紈甚至將矛頭直指中央，說當地豪強和倭寇勾結走私，獲得大批資財，送給京城出身閩、浙的官員，讓他們幫忙遮掩，沿海倭寇這才屢禁不止。倭寇之亂，實則是內禍。
朱紈的奏摺可謂一石激起千層浪，江浙可是科舉大省，全朝一半以上的進士都出身東南。像約好了一樣，京城和浙閩的彈劾摺子一起飛來，霎間淹沒了朱紈的戰報。
當地御史、巡視、知府紛紛上報，說朱紈貪功冒進，謊報軍情，他誇大戰績，瞞報明軍死亡人數，只報勝仗不報敗仗，而且在征討雙嶼時，他還沒有攻下港口，就已經寫奏摺說大獲全勝。實際上，在三天之後，海軍才真正登上雙嶼。
京城中御史也彈劾朱紈擅自殺戮，佛郎機人畢竟是異國人，朱紈沒有請示朝廷就將人斬首，委實是藐視朝廷，擅權自傲。
一時說什麼的都有，皇帝案前全是彈劾奏摺，替朱紈說話的聲音微乎其微，只有朱紈慷慨激昂地替自己辯護。輿論完全一邊倒，皇帝也分不清到底是朱紈謊報軍情還是閩浙官僚集團看不慣朱紈。皇帝只能暫時免去朱紈的官職，命令兵科都給事中杜汝禎去詔安考察審問。
