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在方正忙於爆兵升級的同時，埃洛伊和少女們也繼續在追蹤那試圖喚醒毀滅世界的機器的暗影卡加族。而且，她們也傳回來了不少消息。
比如說，她們發現了幕後控制暗影卡加族的，是一個名爲哈迪斯的人工AI，而這個AI正是蓋亞系統的子程序之一，和赫菲斯托斯一樣。
不僅如此，她們還了解了關於埃洛伊的身世，她是創造蓋亞系統的伊麗莎白博士的克隆人，之前蓋亞系統遭到攻擊，所有子程序全部自動斷線之後，爲了確保計劃能夠順利進行下去，蓋亞系統便利用了最後剩下的資料創造了埃洛伊這個克隆人嬰兒，將其放在外面交給諾拉族撫養。畢竟伊麗莎白博士是整個零之曙光計劃的核心人物，所以埃洛伊才能夠自由出入其他被封閉的設施——因爲按照權限來說，繼承了伊麗莎白基因的埃洛伊顯然是最高的。
而她們也終於發現了零之曙光的真相。
那就是……重生。
人類的毀滅已經不可避免，因此爲了讓人類一族延續下去，伊麗莎白博士提出了“零之曙光”計劃，那就是將人類的基因冷凍，保存下來，然後在適當的時候再將它們重新喚醒。
簡單來說就是，所有人都死光了，然後只能夠坐等那些機械軍團自我毀滅，等它們毀滅之後，蓋亞系統再重新改造地球，讓那個已經被機械軍團吞噬殆盡，化爲焦土的星球重新恢復生機與活力。接着再利用基因克隆創造出嬰兒，教授他們關於地球和人類歷史的知識，最後延續人類文明。
在將此事報告給方正時，埃洛伊感慨不已，但是方正的反應卻是……
“這什麼智障計劃？”
一面對眼前的藍圖進行修改，方正一面無語的望着旁邊埃洛伊的全息影像。
