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然而，事情遠遠沒有想象中的那麼簡單。
最先開始的，是各國政府陸陸續續地收到了海上的漁船還有巡邏艦遭到襲擊的通知，之後就連派往深海科考的潛艇都被不明的黑影所擊沉。從遇難船隻傳過來的影像裏僅僅只是倒映出了彷彿被黑霧和巨獸纏繞着的蒼白少女的身姿，以及在她們身後，高高地聳立着的黑色艦裝。
這樣顛覆認知的影響一度被認爲是譁衆取醜，但是由黑色少女組成的聯合艦隊依次出現在了各國的近海的時候，人們纔開始真正正視這個問題。
然而面對敵人強大的活力和靈活的身姿，派入深海的鋼鐵戰艦卻遭遇到了難以想象的攻擊，巨炮的炮彈轟不中對手，卻被那一小枚黑色魚雷撕裂了船舷，沉沒在深海之中。
那些擁有着少女面孔和強大的黑色艦裝的深海怪物，那在海上被無限拉長的戰場和補給線，還有靈活多變的艦隊組合，嬌小的身體所擁有的活力絲毫不遜色於那些強大的鋼鐵巨獸，擁有着無與倫比的機動性和強大火力，不需要支付昂貴的維護費用和資源。
在漫長的拉鋸戰中，各國政府資源被消耗殆盡，鋼鐵戰艦所需要的修復時間和資源實在是太過龐大，以至於在拉鋸戰中，聯合國組成的聯合艦隊逐漸落入了下風。到了最後，慘敗而歸。
當人類的鋼鐵艦隊一次次的失敗而歸，大海的控制權一步一步消失，而那些來自深海的怪物不再滿足於馳騁于海洋上，甚至開始攻擊人類沿海的城鎮的時候，甦醒自舊世界的沉沒戰艦的鋼鐵少女終於踏上了歷史舞臺。
和深海少女一樣靈活地身姿，不遜色甚至遠超的強大火力，幫助人類在對深海的戰爭中佔得了上風。於是，那些少女被稱之爲了艦娘，能夠與那些鋼鐵少女建立起了精神鏈接的人被稱之爲提督。一般來說，提督和艦娘生活在一起的地方稱之爲鎮守府。
