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另外一大分支，天台神道也叫日吉神道，或山王一實神道。
天台神道以天台宗空、假、中三諦圓融教義爲基礎而建立。
認爲釋迦牟尼是一切神、一切存在的本體，也是日本天台宗大本山比睿山保護神山王的本體。
其實，兩部神道和天台神道，都是佛教演化形成的神道教。
後來，幕府時期，又新出現了反佛教的神道教，其中影響最深遠的就是吉田、伊勢、垂加這三家。
也就是說，吉田、伊勢、垂加三家的神道理論，和兩部神道、天台神道是相悖的。
因此，吉田三神社原本是很難和兩部神道、天台神道聯合的。
但是，神道教靈脈被截斷之後，吉田三神社又在蓬萊鎩羽而歸，促使他們和兩部神道、天台神道聯合。
靈脈被截斷，兩部神道和天台神道的神主也很清楚，如果不做點什麼，他們的實力會越來越弱。
