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對於原體，那一段時間也發生了一件大事，隨着原體數量增加，原始納米機器人總量不斷減少，給予蜂巢網絡的計算力也越來越少，在某一天，蜂巢網絡消失了，原始納米機器人和浮島化作納米沙，沉入海底。
失去蜂巢網絡的原體陷入了恐慌和焦慮，感受不到同伴存在的它們只感覺到被世界拋棄的恐懼，而這份恐懼和被人類需要的使命感，被一部分人類利用，讓它們進入了戰場。
隨後的戰鬥就失去了控制，越來越多的原體走上戰場，力大無窮又刀槍不入的原體人類根本無法抵抗，只有原體能對抗原體。
直到有一天，一個國家的原體全部落敗，這個國家即將淪陷，被鄰國佔領。
這個國家釋放了基因武器，它摧毀了鄰國男性的y染色體。不到一年，該國的男性全部陷入了基因崩潰的病狀。最終全部死亡，並且再也沒有男嬰降生。而這個基因武器，如同瘟疫一樣蔓延全球。
十年後，最後一個男性在重重保護之下基因崩潰，死亡。
在之後的很長一段時間，這個只剩下女性的世界依靠克隆技術和人工受孕技術女女生子維持了十餘年，但是令人想不到的是，這個基因武器蔓延到了動植物身上，大量動植物死亡。
但是依靠人工合成蛋白質和可以無性繁殖的植物還能供給人類的生存需要。樹木減少造成的氧氣比例降低，人類也製造了無數巨大的氣體轉化設備來應對。
但是應對不了的是人類越來越低落的士氣，那時候的人類已經陷入了絕望，越來越多的生態危機和極端天氣讓人類疲於奔命。其結果就是，人類社會自殺率越來越高，最終，人類滅絕，很多與人類建立深厚友誼的原體無法接受人類的滅絕，核心程序崩潰，化身爲深海獵殺一切會懂得東西。
爲了自保，殘存的原體聚集到一起，這時候，隨着原體的聚集，蜂巢網絡也在復甦，但是蜂巢網絡已經失去了意識，成爲了原體的思維聊天室。
