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初號機在見到渚薰後，放棄抵抗，吞噬了朗基努斯槍，重現了名爲中心之樹的儀式中間產物，毀滅人類亦或者拯救人類已經在這邊的碇真嗣的一念之間。
在初號機中，碇唯開始給碇真嗣講解，他能做到什麼，以及現在出現的巨大綾波麗和巨大渚薰的意義。
在初號機的內部，碇真嗣的內心世界，碇真嗣的補完開始了。
“撐得住嗎？”伊安展開的at立場勉強對抗着莉莉絲所展開的反at立場，順便把旁邊的二號機也護住。
“勉勉強強的吧。”明日香也在儘可能的展開at立場。“已經完成了升格和補完的我們應該和莉莉絲是平級，理論上應該能免疫第三次衝擊的。”
“他在叫我了。”聯動明日香突然瞪大眼睛，看向中心之樹的方向。“讓我去救他？軟弱的小鬼。”
“是嗎……”統合部明日香切斷了和初號機的通訊。
“如果計劃沒順利進行，你們會很爲難的吧？”
“並不會。總會有辦法的，犧牲一人拯救別人在這裏一直是僞命題。爲了拯救一人犧牲很多人的事情我們倒是做了不少。”
