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具體內容爲，兗州之事，巡撫、布政司、按察司，皆有失察之責。念彼等處事果斷，善後及時，不以重責。暫時留任，以觀後效，再有事發，兩罪並罰。都指揮使毛xx，兗州分巡道，罪有應得，死有餘辜。人雖死，不能脫其罪，責成山東地方抄家，女眷充爲官妓。
這麼一個處置，山東官場要員們，除去自殺的都指揮使，其他人毛都沒掉一根。這樣的處置結果，山東地方自然彈冠相慶，總算是保住了自己的飯碗。
陳燮從兗州回來，看見這個處置結果之後，還是上奏一份，稱：一干以死逃罪者，念其尚有羞恥之心，抄家、罰金即可，女眷發還祖籍，可彰君父之德。
這一份奏摺到了京師，再次掀起軒然大波，文武百官意外衆口一聲，支持陳燮的建議。朱由檢看在抄家罰金的面子上，思之再三，勉強同意了這個建議。於是百官紛紛上奏，稱頌君父之德，不亞堯舜。並懇請，今後非謀反大罪，皆效此例。
趕上五十萬的銀圓的匯票到手，聽說山東地方恢復了平靜，心情大好的朱由檢，意外的同意了這次建議。並表示，有司可設條例，以待日後有據可查。意思是，抄家是必須的，罰金換一條命也是必須的，該罰多少，你得有個標準。但是，是否按照這一次的例子來，還得由皇帝來決定，不可作爲常例。意思就是，規則可以搞出來，是否按照這個規則來，標準在皇帝的手裏掌握着。這一招出來，雖然說皇權還在發揮主要作用，但已經被砸出一個口子。
山東的事情，居然就沒人提了，孔家的問題，也沒人去提。最後還是陳燮聯合按察司、布政司上奏：聖人門第，不可沒落。可從罰金之中撥款一些，交由彼等安家，另選繼承人，官府出面幫助孔家恢復門第。
朱由檢很乾脆，一事不煩二主，孔家的婦孺是陳燮救的，一些貪官的罰金還沒收上來的，全部交由陳燮代轉給孔家。另立家主一事，也由陳燮代爲選定，擇日舉行儀式，上奏審批。
陳燮很認真的寫了個長奏摺，先說漕運衛所廢弛，可藉機整治，爲日後整頓衛所積累經驗。接着說山東兩府官員一案，牽扯衆多，當由廠衛接手善後。再說孔家的事情，還是要禮部派一個老成持重的官員下來主持，地方處置名不正言不順，還是扛着君父的名義下來的官員比較有說服力。具體到錢糧，山東地方可以擔負。最後說到官員，吏部、兵部，應儘快選派官員下來接任。
