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因爲他們生活在海上，周邊許多荒島上鳥類都十分繁多，許多荒島上長年累月下來，積存下了非常多的鳥糞資源，而鳥糞之中本身就富含氮磷鉀肥，是一種極好的純天然的肥料。
於是於孝天便組織人力船隻，到這些富含鳥糞資源的島嶼上開採鳥糞，拉回到南日島，將其施入到耕田之中，提高土質的肥力。
另外南日島在他主持之後，島上人員聚集生活的區域，衛生條件得到了很嚴格的控制，所有人員聚居之地，全部建立起了大量的旱廁，人排泄出的糞便，無疑也成爲了島上農民們的搶手貨。
腐熟的人糞便成爲他們爭搶的對象，甚至島上有些地方出現過農民爲了搶奪某些茅廁的糞便，還發生過械鬥的情況。
總之到了天啓四年秋季的時候，南日島的農業發展已經相當好了，當年所產出的糧食作物，雖然還沒有完全可以滿足南日島所有人一年的需求，但是也起碼滿足了他們七成左右的糧食需求，使得他們減少了大量採購糧食的支出。
而於孝天在南日島上實行的土地稅是十抽三，凡是在南日島耕作農田的，要在收穫之後，給海狼繳納三成的田稅。
這個稅率放在後世的話大概不算少，但是在這個時代，卻並不算高，因爲別看陸上明朝官府收取的田賦表面上也不算高，可是經過各級官吏們的層層盤剝下來，農民的負擔卻非常重。
明朝官員薪水低，就要想辦法找到解決的辦法，於是無德官吏們便想出了比如火耗、踢斛淋尖等種種方法來從老百姓手中盤剝，使得老百姓的負擔非常之重。
更重要的是各地官府還會常常因爲各種事情，對老百姓徵發徭役，老百姓還要出徭役，這麼下來，老百姓們更是苦不堪言，到了明末的時候，大明的土地兼併也達到了極致，大批老百姓失去了他們賴以爲生的土地，大量土地集中在了地主和權貴手中，使得老百姓只能從他們手中租佃農田進行耕種，這就更加重了他們的貧困程度。
