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虽然目前来看，于孝天运气还不错，这边没有爆发大规模的疟疾，但是谁也不能保证，以后就不会发生，因为气候的原因，台湾岛很多地方比较潮湿，所以自古以来这里的疟疾问题都是大问题，大陆来的不少移民，并不是死于当地土人手中，也不是死于自然灾害，这里的土地还算是比较肥沃，但是历史上大陆朝代数次打算经营台湾，都以失败而告终，关键问题就是这里的疟疾传染问题。
疟疾的传染主要途径就是通过蚊子叮咬传染的，于孝天在决定开发淡水和鸡笼的时候，对这边的卫生情况就十分关心。
淡水寨和鸡笼寨在开始建设的时候，选择好了地方，第一件事做的就是改变周边环境，大量砍伐掉一些树林，放火烧掉灌木，平整土地，将土丘削平，取土将低洼处的水坑填埋起来，减少蚊虫滋生的环境。
另外饮食方面，也尽可能的避免生食，喝水要必须烧开之后，才能饮用，不得随处取水，条件不足的取水之后也要用沙子过滤，然后沉淀之后烧开使用。
许多人不喜欢天天洗澡，现在也要逼着他们养成每天洗漱的习惯，肥皂作为重要的出口商品，肯定不能用，但是淡水本地就有皂角树，这里的人随手采集的就足够他们使用了，虽然没有肥皂好用，但是却纯天然无污染，也是不错的替代品。
但是今天于孝天留心了一下新营这里的卫生情况之后，虽然营区内很干净，也有公共茅厕，但是茅坑是露天的，蚊虫滋生还是存在问题。
而且营地周边因为这里是军事禁区，不许开农田，所以土地平整不够，许多地方存在水洼，一下雨就积水，天稍热一些就容易滋生蚊虫。
而且营房之中，也多为敞开式的门窗，通风倒是不错，但是天热起来之后，屋子里面的蚊虫会很多，这时代的人们富人自不用说了，他们有帐帘，穷人就只能被随便叮咬了，而且穷人也习惯了被蚊虫叮咬，看上去问题不大，但是可以传染很多疾病，疟疾更是最容易被传染的疾病之一。
