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但是没想到这一次于孝天会突然间对他施以援手，把他从山东绑架到了台湾岛，并且给他安置了不错的地方，算是相当善待他了。
原本孙元化对于于孝天这么做，还是颇有微词的，认为于孝天把他逼入了绝地，彻底断绝了他的仕途。
原本他这次被叛军释放之后，还想要回到京中，利用老师徐光启以及周延儒等人的能量，给他提供一些保护，起码保住他的性命，就算是被革职查办，以后只要他们还在朝中任事，迟早也有一天会被起复。
可是于孝天把他弄到这里，他不明不白的就失踪了，肯定朝廷就会为此震怒，那么就算是以后他回去陆上，估计也没有机会再入仕途了，掉脑袋那是最起码的事情。
所以孙元化在初到这里的时候，还对于孝天心怀不满，认为是于孝天坏了他的前程，可是随着京师方面各种消息传回来告知他以后，孙元化渐渐的改变了这种想法。
特别是七月间朝廷下旨，将张焘斩首弃市，宋光兰也被杀了，而朝中对于剿还是抚的问题，已经最终拿定了主意，皇帝力主以剿为主，开始调集大军北上入剿孔李乱军，这时候徐光启和周延儒等当初主抚之人，都受到了圣上的呵斥。
甚至于一直主抚的兵部右侍郎刘宇烈也被朝廷罢官逮问，这就说明了事情的严重性，起初孙元化还指望着老师徐光启和周延儒等人能保住他，可是后来看时局的发展，这种希望是极为渺茫的。
作为登莱巡抚，他才是主事之人，这次登莱之乱，本身就该归结在他身上，由他背这个黑锅，更何况在孔有德叛乱之初，他又一门心思想要招抚，结果导致贻误战机，另外主抚的问题上，确实有很大的问题，最初朝廷派兵进剿，诸将都一门心思的指望着主抚，结果被孔李叛军打的大败。
叛军横扫登莱等地，造成登莱生灵涂炭，就连后来的山东巡抚徐从治，都被叛军乱炮打成重伤，以至于后来死在了莱州城之中。
所以他作为罪魁祸首，就算是当初跑回了京师，最终的下场也是可想而知的，肯定会被朝廷那些政敌大做文章，最终肯定也要被斩首示众，甚至于弄不好，还会落得袁崇焕当初的下场，被凌迟处死估计都是有可能的事情。
