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以老回回等为首的一些农民军，则被圈在了霍英山以及湖广麻城、河南光州等地一带。
也有部分农民军首领，在这两年官军的打击之下，或降或死，曾经近百万的农民军，到了这个时候被官军分割开来，无法再相互呼应，已经不复崇祯九年之前的那种纵横来去毫无顾忌的情势了。
所以朝野之间，到了这个时候，开始出现了一些乐观情绪，认为流民军被剿灭应该就在眼前，不会再持续多久了。
崇祯到了这个时候，心情也开始逐渐好转，另外卢象升被调往了宣大一带，主持宣大防务，在宣大一带吞并积粮，目前也初见成效，使得宣大一带的防务水平得到了相当大的提升。
所以到了这个时候，崇祯也开始变得乐观了起来，认为在他的努力之下，大明的时局还是出现了好转，一切似乎都朝着好的方向发展。
这让他又想起来了南方的于孝天，于是再次开始琢磨起该怎么对付于孝天了，崇祯在十一年五月期间，招众臣再次商议该如何处置于孝天的问题。
诸大臣这个时候，对大明的时局也都开始保持乐观的态度，多认为用不了多久，这些流民军应该就被剿灭，这个时候也确实该考虑解决于孝天的问题了，要不然的话放着于孝天盘踞在南方，着实令人寝食难安，迟早都是大明的心腹之患。
于是众臣经过商议，认为待到流民军被剿灭之后，立即便调集湖广、南直隶、浙江、江西、两广诸军，一共调集重兵十五万人，一并入闽，对于孝天发动征讨。
到时候崇祯可限令于孝天入京招问，如果于孝天奉旨入京的话，就在京师将其抓起来，但是他如果抗旨不尊，那么就以他抗旨的名义，治罪与他，将其削职罢官，然后各路大军一起攻入福建，将其拿获！
