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另外劝降信之中，要求城内守军立即将刘宇亮拿下，献城投降，于家军可确保不杀一人，可善待这些降兵。
于是眼看着通州城无法守住，城内一个牛姓千总，一咬牙，突然间率领手下兵卒暴起，将刘宇亮亲随斩杀数十人，当场将刘宇亮拿下，绳捆索绑打开了通州城东门，向于家军献降。
刘宇亮虽然有所准备，但是还是没有能防住手下这么干，发现事情不妙，想要逃走已经晚矣，眼看着就要被生擒活捉，刘宇亮试图投水自尽，但是却被叛军跳入水中救捞起来，结果被送入了于家军大营之中。
于家军仅用了四天时间，便攻克了通州城，将整个通州城控制在了手中，而通州城之中的粮仓，因为有于家军提前发出威胁，城内守军虽然受命城破之际放火烧毁这些物资，但是最终于家军入城，这些守军也没敢放火，所以最终城内囤积的十几万石粮秣，也尽数落在了于家军手中。
同时在通州城内囤积的还有大量的棉布棉花，以及骡马车辆还有大约五万多两库银，也尽数落在了于孝天手中。
通州之战，于家军打的又狠又快，而且还临阵使用了大批俘兵助攻，临阵斩杀了不少不肯从命的俘兵军将，展现出了于孝天狠辣的一面，战后于孝天下令，将俘兵之中所有军官，尽数和他们手下兵卒隔离，其中在军中民愤极大的几个千总、守备以及游击等军将，则就地处斩，其余的官兵，部分老弱就地裁撤，每个人发给粮食二十斤，银子一两，就地遣散令其返乡。
至于剩下的六千官军战俘，则采用老办法，直接就地改编，以于家军的兵将取代原来军中军官，将其就地整编为五个步兵营，令其镇守通州城，另外从第九旅之中，抽一个步兵营作为主力，驻守通州城，一方面负责监控这五个新编营，另外也担负起防卫通州的主要任务。
