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但是到底福王父子最后的下落，却成了一个千古之谜，再无人说得清楚，福王父子就这么在洛阳之乱当中莫名其妙的失踪了。
至于剩下的几个省里面试图纠集武力和于孝天对抗的皇族，也同样没有一家能安然度过崇祯十三年年底，在于家军这种新式军队强大的火力面前，那些临时纠集起来的叛军，根本就是战五渣，不出意外很快便都被于孝天派兵纷纷讨灭。
而且到了崇祯十三年底的时候，连以前于孝天一直没有把势力渗透进去的云贵等地，于家军也攻入了其中，迅速击溃了当地一些不听朝廷使唤的抵抗势力。
而且于孝天下令，把朱家所有在册的皇亲国戚，全部交由当地官府严厉监管起来，非特准的情况下，只能留在府中，不得擅自出府，一切府中所需用度，皆有当地官府统一配送供应，等于是彻底将朱家子孙给关到了笼子里面。
于孝天这样的手段已经算是相当温和了，比起一些改朝换代的时候，将原来的皇族尽数屠杀的手段，已经算是相当宽厚了。
两年时间过去之后，整个北方以及中原的局势也就基本上彻底稳定了下来，虽然个别地方还有一些像白莲教之类的邪教试图作乱，一些不肯安分的豪强还在试图给朝廷捣乱，但［ 是在于家军强力压制之下，这些都是小打小闹，基本上翻不起多大的浪花了。
随着各种新政在大明土地上逐步推行，官场风气逐渐清明，各种以前官吏们惯用的一些敲诈勒逼百姓的手段一点点的被取缔，使得老百姓们身上的负担大幅度的减轻，各地的农业生产也逐步在恢复起来，就算是遭受灾害最严重的陕西地区，现如今百姓也回到了土地上，开始重新整理土地。
连年的战乱，使得北方人口剧减，许多遭受严重兵祸的地方都出现了十室九空的情况，就算是流民返乡回到故土之后，也存在严重的人口缺乏的情况，使得原来很多土地都因为没有足够的人力和畜力耕种撂荒。
于是于孝天下旨，让山陕河南一些地方，特别是以前的山地之中不适合进行农耕的村庄进行搬迁，把有限的村民移出山区，转到一些人口较为稀少但是土地较为适合耕作的地方进行重新安排，令其租种官田，把原来的一些山区之中的村庄废弃掉，退耕还林来保持水土，在自然环境方面，踏出了保持水土的第一步。
