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另外他下旨，派出一支三萬人的部隊，由孟飛率領開入到蒙古草原之中，進駐到前些年毀於戰火的歸化城一帶，重新築城，將原來的歸化城擴建，成爲一座大型的城池，由大中軍駐守，並且派出官員，在這裏對整個蒙古諸部行使管理，以後蒙古諸部的區域，將會設立蒙古行省，省府就設在歸化城。
對於蒙古一帶的管轄問題，於孝天決定一步步的來，下一步他準備大批朝蒙古一帶移民，開荒種地，逐步的增加關外蒙古一帶的漢人數量，然後逐步建立起蒙古行省，並且逐步建起更多的城池，通過這些城池，以點帶面，逐步的全面控制住蒙古諸部，最終完成將其徹底控制。
至於蒙古諸部高興不高興，願意不願意，這就不是他管的事情了，現在他手頭兵強馬壯，誰不聽話對不起，先斷你們的互市權，接着召集蒙古各部隨軍助戰，將其討滅，這會兒大中的軍力極爲旺盛，當然不容他們翻起多大的浪花。
另外對於皇宮之中，於孝天下旨禁止繼續閹割的制度，停止增招太監，原來的太監進行分流安置，將其逐步遷出京師回鄉安置養老，僅留下了極少量的太監在宮中留用，至於原來大明皇宮之中的宮女，也盡數遣散回鄉安置，將他原來在福建那邊府中一批丫鬟調入宮中。
這麼一來，整個皇宮僅剩下了不足百人的太監宮女，遠遠低於前朝宮中太監宮女的數量，使得皇宮裏面頓時變得清清冷冷了下來，這麼多宮殿根本就用不完，於孝天於是下旨將大部分空閒的宮殿全部都封存起來，包括各種以前宮中的物品也封存到了宮殿之中，沒有他的旨意，不得啓封。
他僅留下了少量的宮殿，供他和家人以及那些宮女太監居住，並且讓宮女們在宮中服務到二十歲之後，便可以離開宮中尋找一個婆家嫁出去，至於那些留下的太監，以後等他們老了之後，另行進行妥善安置，徹底終絕中國歷史上畸形的太監製度，而且現在留用的太監，也不再幹涉任何政務，違旨者嚴懲不貸。
接着就在奉天元年秋天的時候，於孝天又幹了一件讓天下讀書人瞠目的事情，就是他力主改革在中國已經推行了上千年的科舉制度。
在經過和官員們之間反覆的爭論以及博弈之後，於孝天推出了新的科舉制度，雖然繼續保留科舉制度，但是在原來科舉制度上，大副削減了八股文在科舉考試之中所佔的比重，同時對於詩詞歌賦等方面的考覈也不再給予很高的重視。
但是在原來科舉考試之中，增設了一些全新的科目，其中對於策問之中經義方面的學問也進行了大副削減，不再以經義作爲策問的主題，而是大副提高了策問之中關於政事方面的學問，以此爲策問的主題。
而策問主要涵蓋了經濟、民生、吏治、行政、管理、農業、水利等方面的問題，另外增加了工商業方面的一些問題，提出各種問題，讓應試的生員對這些實政方面的各種問題，提出他們的見解以及他們的對策，更多的考覈學子們對於實務方面的能力，而不再過度關注他們對於墨義、貼經、經義、詩賦等方面的造詣，寫的一手好文章，以後就不見得能獲得好成績，但是如果在時論和實務方面，有交好的表現的話，以後將會在科舉之中獲得交好的成績。
