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於孝天當然不光是在科舉考試方面進行改革，他在進行科考制度改革的同時，也令人選擇了相當多的實用的書籍，令工部大力刊發，印製出大量的書籍，然後發放到各地供學子們購買閱讀學習。
這些年來於孝天在福建和臺灣隱伏期間，就通過各種手段，從西方弄來了不少各學科的書籍，翻譯過來進行了印刷，供給當初他在臺灣等地設立的學校以及學生們學習之用。
現在孫元化被他從淡水弄回到了京師，在六部之外，又成立了一個教育部，直接把孫元化委任爲了第一任教育部部長，於六部之外，專司負責教育方面的事情。
原來的京師國子監和南京國子監則都歸入教育部之下，專司培養有用的學生，原來國子監之中的學生，擇優留用，其餘的遣散回鄉，從福建和臺灣等原來他成立的各種學校之中，錄取了一大批年輕學生入國子監進行深造。
而國子監之中教學科目，也進行了大幅度的改制，取消了大量以前所學的東西，重新開設了很多課程，其中既有幾何代數又有一些機械、化學、物理方面的學科，還有行政管理等學科，所學的東西比之以前國子監設立的科目要豐富很多倍。
至於師資方面，由孫元化負責尋找，他的三個兒子在很多學科方面，都有很深的造詣，全部進入國子監任職，稱之爲教授。
另外一部分以前在臺灣各地傳教的有紮實學問根底的傳教士，也被特准移至國子監之中任教，特准他們在監管之下，教學之餘，在京師和南京兩地建立教堂進行傳教，同樣要求不得他們在國子監對任何學生宣傳他們的教義，否則的話便將其逐出中國。
