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就在這麼突然的情況下，林宇感覺世界突然像是幻燈片一閃，等到眼前再次從白色變成現實世界的場景時，林宇來到了一個陌生的城市。
不大的陽光卻散發着炙烤大地的炎熱。好像就快把人烤化一般。
這時候，一個聲音傳來“你來到了《新世紀福音戰士》的場景，在這個世界，你是帶着變強的目的來的。所以不要退縮，抓住一切的機會。”
深吸一口氣，然後慢慢的呼出來。自己要踏上變強的道路了。
蘭因加洛斯給林宇唯一的提示就是，前去學校上學。
天氣很好，碧雲天空萬里無雲。可是林宇知道，這是一個在不久的將來就會被毀滅的世界—全人類補完計劃，一個宏大卻又殘忍的計劃。
西元2000年，一個科學探險隊在南極洲針對被稱作“第一使徒”亞當的“光之巨人”進行探險。在對其進行接觸實驗時，“光之巨人”自毀，從而發生了“第二次衝擊”，還導致到世界大戰。最後，世界人口減半，地軸偏轉、氣候改變。根據對“第二次衝擊”的調查，聯合國在日本箱根成立人工進化研究所（即hirn）從事eva的發展研究，後hirn利用在人工進化研究所下方發現的巨大空洞建造了總部。
另一方面，聯合國屬下的祕密組織seele爲了使人類進化，開始實行人類補完計劃，就是將所有人的靈魂彙集在一起，通過中和每個人的at力場，使每個人迴歸lcl之海。
隨後不知道從哪裏來的怪物開始襲擊在日本設計的祕密組織的總部。然後由主角碇真嗣和女主角綾波麗和另外一個女主角惣流·明日香·蘭格雷
三人開始駕駛一種名叫eva人型巨大機器人開始抵抗這些被稱作“使徒”的怪物。
