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其實商毅在城外也看得十分清楚，有一部份商家軍以經蹬上了城樓，還有一部份就守在城下，確實完全控制了武林門。於是商毅立刻下令，全軍進城。
大隊人馬進城之後，商毅蹬上了城樓，向城中看去，城裏確實是一片混亂，滿街都是跑的居民，地上還躺倒了不少屍體。因此啇毅立刻下令，留下第二團的火炮營守住武林門，自己和周少桓帶一個火槍營、二個偵察連和兩個新兵營去佔領州府衙門，剩餘的一個火槍兵營和一個長槍兵營都分散成以連爲單位，立刻在城中去制止叛軍的暴行，將他們全部都抓到州衙來，敢反抗者一率格殺匆論。
商毅領軍趕到了杭州的府衙門，這裏早己以人去樓空，商家軍毫不費力就打開了府衙的大門，佔領了府衙。隨後商毅又分派三個新兵營，分頭去攻佔杭州城的各個城門，不許進出。
杭州曾經是宋朝南渡之後的都城，在南宋時期，共有十三座旱門，五座水門。而南宋滅亡之後，元、明以來，杭州城已固定爲十個城門。分別爲東有慶春門、清泰門、望江門，南有候潮門、鳳山門，西爲錢塘門、清波門、湧金門，北爲武林門、艮山門。都要分派兵力把守。每個城門分派一個連把守，剩下的三個連則留在府衙，準備看守俘虜。
這時叛軍正在城中肆意施暴，但很快就發現，街頭巷尾，出現了一隊隊衣甲鮮明整齊的軍隊，有人首先喊，命令他們放下兵器，立刻束手就擒。
叛兵當然不甘心就這麼縛綁，但對方也不多和他們廢話，喊了兩遍不見他們有所行動，就立刻舉槍射擊。槍聲響過之後，叛軍們頓時紛紛倒地斃命，而其他的叛兵見勢不妙，馬上四處逃竄。當然也有一些橫的叛軍不服，還想衝上來動手，結果還沒等他們衝到近前，就被彈丸擊中倒地，就算有一部份人僥倖衝到商家軍的近前，但等待着他們的，是雪亮的刺刀。
雖然商家軍中還有一部是長槍兵，但商家軍的長槍兵，也不是現在叛兵這樣的烏合之衆所能抵抗的，雙方動手的結果，無一例外的都是叛軍倒地身亡。
知道了商家軍的厲害之後，叛兵也不敢反抗，有小部份趁亂逃跑,躲藏了起來，絕大部份都扔掉了武器，舉手投降，被押到府衙前的大廣場看押。
到了響午過後，在商家軍雷厲風行的打擊之下，杭州城裏的動亂以經基本平定了下來，隨後在商家軍的組織指揮下，又去撲滅了城中的火勢，好在叛軍並不是誠心要放火燒城，因此火勢並不大，到接近黃昏的時候，終亍都滅了。雖然還是有不少房屋被燒燬，而且死傷了不少居民，但就整個城市來說，損失並不算大，比起被張獻忠焚爲一爐的武昌來說，根本就不算什麼。
