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商毅現在可沒功夫去管朝廷怎樣應付李自成，收復了杭州之後，商毅立刻分兵出擊，陸繼收復浙江其他的失地。因爲這時其他各地的叛軍也以經分崩瓦解，因此商家軍一路進軍，都是勢如破竹，有些地方的殘餘叛軍，不是作鳥獸散就足開關投降，並不費力就連繼收復了嘉興府、湖州府、紹興府和寧波府等地。還有金華府和嚴州府則是由當地鄉紳帶領，自行反正，商毅也沒有派兵過去。整個浙江叛亂，也全告結束。
其中收復寧波府的羅遠斌還發回來一份報告，說位於寧波府象山縣的昌國衛屬下的五個所居然沒有投降叛軍從亂，而且在叛軍作亂的這段時間裏，一直守衛着象山地區，並沒有被叛軍攻佔。
商毅見報之後，也不禁對昌國衛大感興趣，在這種情況下，這個衛所還能夠守衛住地方，確實是不容易。也說明這個衛的指揮使一點有些本事。另外商毅還知道，昌國衛是一個海防衛，應該有一些戰船水兵，即然是在浙江立足，商毅早就有建立一支海軍的計劃，因此也打算在最近到昌國衛去視查一下。
因爲現在朝廷還沒有給商毅收復的地方派下州府的地方官員，因此所有收復的地方暫時都由商家軍接管，當然商毅也知道，大明朝廷早己經被李自成弄得焦頭爛額了，現在那還顧得這些事情，那麼現在自己以經在實際佔領了杭州府、嘉興府、湖州府、紹興府、寧波府五處州府。由於商家軍的軍紀嚴明，秋毫無犯，因此所倒之處，也受當地百姓居民的一致稱讚，地方秩序也都很快穩定下來。
商毅也正式派人到山東青州，讓葉瑤瑱組織帶領留守在穆陵關裏，自己手下的一應行政管理人員，全部都趕到杭州來，準備全面接手，浙江等地的管理事務。不過還是留下一團和其他預備隊在穆陵關駐守。當然要等到他們趕到杭州來，至少也是一個月以後的事情，在這段時間裏，自己有必要先做好一個未來的規剗，同時也要做一些相應的淮備工作。
其實早在山東的時俟，商毅對於未來，一直都在不少想法，只是在沒有確定一塊俱體的根據地時，都只能是一些零散的片斷，不成系統。現在終於有了自己的地盤，就可以根據實際情況，制定未來的發展計劃。
因此在連續幾個晚上，商毅都在認真的思考着未來。同時也鋪下紙筆，做好了各種記錄和一些突發的構想。
就目前的情況來看，明朝的滅亡基本上己經是鐵板釘釘的事情，而且俱體時間估計也不會和另一時空裏有多大的變化，那麼吳三桂的倒戈和清軍入關，也應該會如期發生，而南明福王政權的建立，也不會有所改變，當然，如果歷史出現一些偏差，也不是不可能，但這些都是不可預料的事情，因此商毅對未來兩年的計劃，都是依據這些歷史發展而制定。等出現偏差之後，再作調整。
