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因此到了後世也有“明雖亡於內待，但實亡於東林”的說法，不過商毅到認爲這一說法不太靠譜，到不是說屈枉了東林黨，而是實在高估了東林黨的能量。別看東林黨在明末的幾十年裏鬧得風聲水響，也出過不少大臣，彷彿一直左右着政局，但真正由東林黨執掌朝政的時間，其實只有五六年，而且還被分裂成三四段時間。
在另一時空裏，有很長一段時間裏，都把南明的南京朝廷滅亡的責任推到馬士英身上，認爲是馬士英當權，排擠了東林黨，才導致南京朝廷只堅守了短短一年的時間，但實際上，東林黨纔要對南京朝廷的短命付主要責任。因此要說南明的南京朝廷是被東林黨整跨的，到是更正確一些。
東林黨從一開始擁立新君的時候，因爲自己的私心和短視，犯下了嚴重的錯誤，才讓馬士英和江淮四將取得了擁立之功。而東林黨又不甘心承認失敗，從南京朝廷成立之後，不僅沒有提出多少有益的建議，做多少有用的工住。反而是處處和馬士英針鋒相對，凡事馬士英提出的主張，就堅決反對，凡事馬士英支持的，就一概否認，而無論是好是壞，是對是錯，完全就是爲反對而反對，結果南京朝本來就有限的力量，也全部在耗在這種無益的內鬥上了。
因此商毅來到這個時代，一直都對東林黨敬而遠之，現在他既不想參與南京的內鬥，也不想和東林黨拉上關糸。之所以選擇和吳甡合作，是因爲吳甡是這個時候的東林黨中少有的頭腦清醒，並知道處事變通的人，而且商毅還再三聲明，自己是和吳甡個人合作，但與整個東林黨都無關。
當然現在東林黨也沒空來理商毅，他們的注意力都放在朱由崧登基這一大事上，當然真正關心的，其實還是自各在新朝廷中的地位和勢力。因爲朱由崧登基以成定局，那麼就儘可能多的在朝廷中，由其是在內閣中安插人手，執掌朝政，也不失爲是一個補救的辦法。但馬士英自然也不會放棄自己的權利，雖然他是擁立朱由崧繼位的首席功臣，但如果不能入閣理事，那麼一切就都成了浮雲。
明朝的內閣制度首創於永樂年間，正式形成於宣德年間，一直到在正德年間，才逐漸成熟完善，因此儘管在後來明朝出現了兩個二十多年不上朝理事的皇帝，但依然沒有大亂，內閣是起了相當大的作用。內閣的人選，一直沒有定數，最多的時候有七人，最少只有一個，但在正徳之後的大多數時間裏，一般都保持在四到五人之間，而圍繞着新朝的內閣成員的人選，又展開了新一輪激烈的爭吵。
而這一次出風頭的，是上一次擁立朱由崧爲帝時，被給事中李沾之搶了先的誠意伯劉孔昭。在史可法宣佈推薦內閣戍員之後，劉孔昭首先出列，居然推薦自己入閣。這一下頓時上下大譁，史可法也被弄哭笑不得，只好道：“勳臣入閣辦事，本朝尚無先例。”
劉孔昭馬上接了一句：“即我不可，馬瑤草（馬士英字瑤草）有何不可？”其實劉孔昭也知道，自己是肯定入不了內閣，自薦不過是個幌子，重點是推薦馬士英入閣，這樣一來，自己在馬士英心裏的地位，也就大不一樣了。
