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商毅接到自己晉升的聖旨之後，也下令將抓獲的王維如一行人放了，當然是美其名曰交給馬士英來發落。馬強在當了十幾天俘虜之後，這一次也幸運的又逃脫了出來。
新皇帝也有了,衆大臣該封的也封，該賞的賞了，但這也並不就等於從此之後，南明朝廷就太平無事了，事實上更多的麻煩纔剛剛開始，首先是北方還不安定，大順軍、清軍都是南明的敵人，現在清軍己佔領北京，而大順軍敗走陝西，南明坐收江淮，但在三者之間，河南、山東等地帶，還存在着一個巨大的緩衝地區，三方勢力在這裏犬牙交錯，怎樣處理這一地區，可是一個重要的問題，而比這個問題更重要的，還有爲崇禎辦理喪事，以及崇禎的廟號、追諡等等事宜。
而對第一次權力分配並不感到滿意的各集團，也圍繞着這些問題，在朝廷中，又開始醞釀着新一輪的爭吵鬥爭。
同時也有相當一部份官員對南京朝廷、對新任的皇帝，對東林黨都感到了相當的失望，因此也紛紛棄職而去，山東總督曾化龍，也就是其中之一。而另一位山東大員布政使孟宏恭則暫時沒有封給官職，在杭州閒居，等南京朝廷選出新的山東巡撫之後，仍然回山東上任。
在曾化龍離開南京吋，商毅也去送他，兩人相對半響，卻都沒有說一句話。最後曾化龍才說了一句：“好自爲之。”然後揚長而去。
商毅看着他遠去的背影，也不禁苦笑不已，事實上南明南京朝廷的條件,比歷史上南渡的東晉、南宋在立國初期的條件都要好得多，不僅有一套完整的行政機構，還有相當數量的軍隊，因此在北京被攻破不到兩個月的時間裏，就組成了一個結構完善的政權糸統。
然而南明南京朝廷卻沒有像東晉、南宋一樣堅持下來，就在於立國之初時，底子就沒有打好，表面上部門齊備，一應俱全，但在實際上矛盾重重，爲爭權奪勢，置國事於不顧。以致於江河日下，國土淪喪。在另一時空裏，南明南京朝廷只堅持了一年，而商毅自問，在這個時空裏，又能堅持多久呢？
