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當然南京朝廷在混亂之中，到也不是沒幹一點正事，首先是要崇禎帝確定廟號和諡號，不過正事也是在爭論不休中完成的。
首先給崇禎定廟號是思宗烈皇帝，但南京守備勳臣趙之龍認爲這個廟號不是太好，上奏要求改動。朱由崧先是不許。而禮部侍郎餘煜對據理力爭，說了一大通之乎者也之類的話，也不知道朱由崧聽沒聽懂，反正爭論了一番之後，終於改諡毅宗正皇帝。
而在最關鍵的對外政策方面，無論是東林黨還是馬士英，卻都保持着高度的一致性，奉行借虜滅寇的政策，即借清軍的力量，剿滅大順軍。
當然，南明朝廷在這時提出借虜滅寇政策，到並不完全是出於對形勢的誤判，當時信息不通也有一部原因。吳三桂獻出山海關、投降清軍的事情，只是一面之辭，現在還沒有得到南明朝廷的確認，至少從表面上看，也可以理解爲吳三桂借來清軍，大敗李自成，是爲崇禎報仇的舉動，甚至可以說是一心爲明朝社稷的不貳功臣，也不爲過。而且清軍當入關時，也打得是爲明朝報仇的旗幟。而滅亡明朝，攻入北京，逼死崇禎皇帝的是大順軍，因此南明朝廷上下都認爲，自己的首要敵人是大順軍而不是清軍，爲先帝報仇雪恥纔是最重要的，同時，在目前南明朝廷內部關係尚未完全理順的情況下，和滿淸講和，並藉助吳三桂的力量，聯合清軍打擊大順軍，實行借虜滅賊的政策，並天真地認爲此舉可以使清軍與大順軍在交戰中兩敗俱傷，而南明朝廷趁機坐收漁利，不失爲一種可行之策。事實上不僅僅馬士英這樣想，就連史可法、劉宗周、黃宗義這些正人君子也同樣是如此想的。但他們都沒有清楚認識到，現在的南明朝廷面對的最大敵人不是“賊”，而是“虜”。
儘管也有一些中下級官員，如兵科給事中陳子龍、吏科給事中章正宸等人，都曾上疏，提酲南明朝廷，不可盲目輕信滿淸的承諾，並且列舉出當年北宋借金滅遼、南宋借元滅金的歷史教訓。可惜的是，這時在南京朝中，並沒有多少人聽信。馬士英和東林黨一邊鬥爭着，一邊積極準備安排北使團，並且己經確定了左懋第爲使臣，去和滿清接觸，好實施借虜滅寇的政策。
其實在南明朝廷的各官員心裏，對清軍都懷有一種很深的恐懼感，因爲自從袁崇煥死後，滿清先後四次入關奔襲，並在關外發動大淩河、松錦之戰，在這六場大戰中，明軍都以慘敗而告終，儘管滿清在最後一次入關奔襲中，商毅在濟南和青州都重創了清軍，但這只是一個局部戰場取得的勝利，放眼整個戰役來看，依然還是明軍失敗。
因此在衆人的潛意識裏，沒有人願意和清軍交戰，文官是如此，武將們內心更是膽怯，要知道他們連大順軍都打不過，又怎麼敢與打敗大順軍的清軍交戰呢！放眼整個南方，真正不怕清軍的，還真就只有商家軍這一支人馬。只可惜沒有人相信，僅靠商家軍就能夠抵擋得住清軍。
當然借虜滅寇的政策本身並沒有錯，但無論講和還是聯合，都必需是建立在自身有足夠的實力基礎之上，南明君臣只是一味幻想借虜滅寇，但自身卻沒有任何進取的動作，只有偏安坐等之心，不僅喪失了趁亂收取山東、河南的大好機會。同時也把自己的怯弱無能，逐步暴露在滿清面前。
南眀朝廷於六月間任命王燮爲山東巡撫，丘磊爲山東總兵，但這些都是表面文章，因爲沒有武力作後盾，委任的方面大員根本不敢赴任。事實上南明朝廷的潛意識裏，根本就是打算放棄山東算了。
而在這個時候，商家軍在山東大敗清軍，連續收復青州、濟南，生擒王鰲永的捷傳回到南京時，也使南京朝廷上下都十分尷尬的局面中。
