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不過商業稅的內容還不僅僅是如此，還一個重要的內容就是：鼓勵民間資本辦廠，投資實業。
在中國古代，商人幾乎都是和生產分離的。商品的生產基本都是由以家庭爲單位的手工業者來完成，而商人的作用就以低價從手工業者那裏買來產品，然後轉運到其他地方以高價出售。因此中國的絕大多數商人都屬於流通型商人。
這樣一來就沒有人會去想怎樣提高生產技術，改進生產方法，降低生產成本。商人所做的就是拼命壓低收購產品的價格，而以家庭爲單位的手工業者因爲力單勢薄，不可能和商人抗爭，也只能甘受商人的壓窄和剝削。結果就造成中國的社會生產始終是以小農經濟爲主，而無法將手工業和農業徹底分離，形大規模的社會化手工業生產，也就是資本主義蔭芽發展。因此中國的商業行爲始終都無法達到摧毀小農經濟，把中國的社會生產力提升到一個新階段的作用。
當然在另一方面，因爲大規模的社會化手工業生產就意味着大工廠大企業的出現，這也就是歷代的統治者都不願意看到“聚衆”情況，因此聚集大批工匠一起工作的情景，一般都只能在官辦，或者是有官府背景的生產作坊裏出現。在另一時空裏的清朝，甚至規定三十人以上的聚會都要通報官府，在這種情況下，也根本不可能完成社會分工、手工業和農業徹底分離的革命。
同時由於流通型商人沒有自己的產業，因此也缺少大局的是非觀念，造成他們有奶就是孃的觀念，不惜把中國的物資到買給敵對的勢力，以賺取厚利，而遇到外敵入侵的時候，往往就是他們最先投靠外敵，這個時代的所謂山西八大皇商，還有後世的一批買辦商人都是典型的代表。
商毅當然希望能夠盡力改變這種狀況，而且也做過不少償試，他在杭州就開了不少大規模的手工工廠。但盡靠商毅一個人來做是不夠的，而且他開的工廠也同樣帶有很重的官府背景色彩，對推動資本發展也有現，必須把民間的力量都調動起來纔行。
因此商毅在制定的商業稅中，把對生產作坊或工廠實行減稅，做爲了一條十分重要的規定。將生產作坊或工廠分爲五個等級規模，做爲減稅的標準。生產作坊或工廠的等級規模越大，減稅的比例也就越大，最大的生產作坊，允許達到兩千人以上，而減稅率也達到了四成。
主要的目地就在於希望利用稅收的調整，來限制流通型的商人，而鼓勵他們轉型成爲生產型的商人，這纔是最重要的一步。當然對生產作坊的管理、註冊、生產調控、收稅方式和標準，也有一套十分詳細的規定，以防止生產作坊或工廠爲了獲得高的減稅率，而虛假的擴展生產規模。另外也是要防止別有用心的人借辦工廠來作亂滋事。
