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這次商毅把接收海盜基地的工作交給亞莉桑徳拉去完成，一方面是因爲亞莉桑德拉比較熟悉海戰，而另一方面，也是因爲商毅確實抽不身來，進入泓光元年（1645年）之後，在三四月間，清軍就會大舉南下，而商毅也要抓緊這最後的時間，緊急備戰。
這己經是商毅來到這個時空的第三個年頭了，現在商家軍也己經有了相當的規模，不計海軍，總兵力約在六萬五千人馬左右，而駐守浙江地區的兵力，約有四萬七千。兵力己經算是比較雄厚了，如果再加上海軍，也能夠抵擋淸軍南下一陣，但此前爲了支援山東戰區，現在商家軍在浙江的武器缺口比較大，各種步槍缺口在一萬二千支左右，火炮僞缺口雖然小一些，但也缺了近三百門。
現在杭州兵工廠的正式工匠人數己經超過了萬人，生產能力己經達了月產各種火槍五千到六千枝，火炮二百餘門的水平，而商毅也要求兵工廠的廠長孫和鼎，加緊生產，爭取在二月結速之前，將槍炮的缺口都補齊，同時在質量上也不能放鬆要求。另外還要儲備大量火藥、手榴彈、霹靂火箭等等。
當然兵工廠裏也有利好的消息，就是地雷己經研製出來了，第一批試用品也生產出來，正在抓測試中。這也讓商毅十分高興，如果地雷能夠趕上這次的戰鬥，將對抵抗清軍發揮很大的作用。
除了武器之外，商毅在浙江還儲備了大量的糧食，物資、藥品，提純的酒精，並且組織了數百名郎中，畢竟戰爭中的後勤服務也十分重要。
而且杭州畢竟不是在第一線，在年前的時候，商毅就組織人力，在浙江修築道路，以備戰時各種物資的運輸供應。明朝本來就有官道，而且浙江一帶因爲商業發達，經濟良好，因此官道維護情況還算不錯。而商毅決定在官道的基礎上，再進行擴寬，當然這也不僅僅是爲了打仗，同時也使交通更爲便利，有利於進一步促進商業的發展。
不過現在最讓商毅感覺到有些麻煩的是，他的職權還不能超出浙江的範圍，因此無法在第一線佈置兵力，構築防守陣地。只能在有現的範圍內調動軍馬，做好戰爭的準備。他一面寫信給揚州的史可法，希望他能爲自己在江北找一個立足之地，同時又派人在江北地區視察地形，繪製地圖，然後又命令海軍的第二、三分艦駐紮位於長江口崇明島的崇明沙所，以便於一到出兵的時機，就可以馬上通過水旱兩路展開佈置。
而在最後，商毅又通過【杭州時報】，大加宣傳清軍南下的消息，號招南方的軍民抵抗清軍南侵，並希望能夠引起南京朝廷的注意，開始認真的備戰。
其實在這個時候，南京朝廷多少也有了一些警覺，因爲向清廷求和的使團北上之後，只有陳洪範一人迴歸，其他兩位使臣都被清廷扣押，也足以說明，清廷並沒有與南明講和的意思。因此在新年之後，南京朝廷也開始正式商議,抵抗清軍,保住半壁江山的佈置。
