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在與泰爾坦星人的戰爭勝利後，亞洲分部和歐洲分部的人聚集在一起舉杯慶祝。
並把水晶巨人遺留下來的水晶全部帶回去基地，進行化驗並將其利用。
數日後，時空裂縫對普通民衆的威脅也大幅度地減少了，不過偶然也會出現。
亡靈之王摩洛斯也通過監視朱赤雲的手下中得知終結派的大部隊已經從另一邊的平行世界來到這個世界，也通過情報知道了他們首要目標是殺害卡理達。不過摩洛斯他們的計劃離不開卡理達黑暗力量的覺醒，因此摩洛斯派遣下屬在暗中保護他。這也是爲了能夠順利地實現他們的計劃。
另一方面，終結派的部隊相繼來到這邊的世界，他們通過曾雲和李航的情報瞭解這邊世界的信息，並計劃在卡理達變成他們無法對付的樣子之前將其消滅。
上官良介和上官由美和芬利斯一家團聚，雖說芬利斯也改名變回上官蘊兒，可是芬利斯並沒有注射解藥，因爲她希望能夠重新認識這對父母。
基斯托除了和卡理達一起尋找瑪卡特的蹤跡以外，還要在病房裏照顧依然昏迷不醒的兄長，弗萊爾。
菲美拉和艾瑪琳則是留在歐洲分部繼續戰鬥，艾瑪琳也希望通過戰鬥可以尋回屬於自己的記憶，同時也相信在孤兒院一起長大的同伴還活着，希望總有一天能夠和他們相遇。
接着，馬騰軍和羅修繼續他們的尋子之路。
馬克西羅則製作更多液態金屬來修復跟水晶巨人戰鬥的時候嚴重損毀的機甲。
