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小智他們在回到真新鎮的這一天，剛好要到後山的植物園那裏取點東西。然而，他們正在享受着午餐……
這天中午，小智他們在路途中停了下來，便準備喫午飯，小剛他們都很合作的做好自己的工作，小剛負責調理食物，而小智則是在擺好餐具和神奇寶貝們用的餐具，雲霞則幫助小剛做午餐。很快，小智他們便可以享受着午餐，美味至極呀！
喫完午飯之後，小剛他們就要開始了午休，而小智則趁小剛和雲霞睡着的時候，私自來到了自己的空間裏。
小智的大型空間……
小智來到自己的空間後，就找到了巨大快龍，用波導之力跟巨大快龍說了它給的那三個蛋的第二個孵化出了古翼鳥的事。經過與巨大快龍瞭解後，小智已經知道了巨大快龍給他的那三個蛋分別會孵化出索羅亞、古翼鳥和原蓋海龜；至於古翼鳥和原蓋海龜這樣滅絕的蛋也能夠被巨大快龍拿到呢，那是因爲巨大快龍當時在合衆地區飛行的時候，突然就進入了一個神祕的空間裏，然後看見了這兩個蛋，就順便帶回洞裏來了。
瞭解這些神奇寶貝蛋之後，小智就去和那些閃光神獸在一起玩，當然，其它神獸和在神殿裏的神奇寶貝們也在一起玩，它們都相處得非常好。
在玩的過程中，小智也從中瞭解了裂空座它們教會了閃光神獸們很多技能，大家都變得好厲害了。然後小智也就交給了它們一種能力——神奇寶貝語，閃光神獸們都都很輕鬆的就學會了；其它的一般普通神獸雖然學的時候有點喫力，但最終也學會了；當然，裂空座、巨大快龍、巨大毒刺水母和創世神給的那五隻閃光神奇寶貝也成功學會了。
最後，小智也讓它們去訓練空間裏的其它神奇寶貝，也分配了神殿裏的每隻神奇寶貝要管理的每一個地區，然後讓它們分別訓練空間裏的所有神奇寶貝。
最後，小智離開了空間，剛好出來後小剛和雲霞睡醒了，然後小智就和小剛他們踏上了旅途。
