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海倫娜和羅克韋爾從焦土傳送畸變，剛下來就被怪懟到彈盡糧絕，眼看藥丸，李美盈穿着泰克裝甲出現，又見掛B天秀殺光怪物，把海倫娜和羅克韋爾救回基地【主角大集合】。羅克韋爾很快就被泰克基地的科學技術吸引了，而海倫娜卻十分擔憂，她認爲巨型傳送器的建造是違背“監查者”意願的，類似於焦土方舟那樣的大清洗很可能會降臨。海倫娜說服了基地領袖，帶着一支隊伍包括李美盈和聖地亞哥去探察地表方尖碑。
在地表，聖地亞哥黑進了方尖碑【技術大牛啊】，證實了海倫娜的預言，方舟正在醞釀一次大清洗，現在唯一的生機只有徹底關閉方尖碑。於是聖地亞哥操縱地表方尖碑，將一行人傳送進了方舟總控室【就是畸變紅區底層的藍色泰克洞】，在那裏，衆人看到了所有方舟生物的活體培養室，包括人類。他們遭遇了嚴重的精神打擊：原來自己是在控制中心被設計出來，然後在這個工廠中被製造出來的克隆人。自己的記憶全是移植的，或者虛假的? 這裏貼一段 @小白狼125 的筆記翻譯，大家感受一下。
海倫娜的筆記19
人類的樣本室給了我們所有人一個打擊，但是我想美盈受到的打擊最大。她從那之後整個人都安靜了，像一個穿着鎧甲的僵*屍一樣拖着腳跟在聖地亞哥身後。我盡我所能地解釋了一切，並且爲她鼓勁，但是我不確定我有幫到她。
現在想來，她能夠生存這麼久而且沒有發*瘋，這已經相當驚人了。在她所處的時代，他們距離發明該*死的火藥還差了幾乎七個世紀。機器能夠創造人，並且就是這個機器創造了你，這個概念對他們而言肯定是難以理解的。
考慮到我們的現狀，我希望她沒事。看到她現狀這樣慌亂讓我感到更加不安。
雖然遭遇意外，但任務還是完成了。聖地亞哥找到了控制檯。就在所有方尖碑被關閉的同時，方舟緊急防禦系統也被觸發了。無數的怪物衝向總控室，衆人炸燬總控室，逃進事先佈置好的傳送器離開，真乃千鈞一髮!大清洗程序被終止了，小隊衆人都長出一口氣，以爲危機徹底解除，
