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這一次滅絕性的災難讓九州的人族幾乎被滅絕，僅華胥部落倖存了一千人在水與火中掙扎。
那時女媧還在閉關恢復。當她得知九州被毀滅的消息後不顧天規，立即來到九州煉石補天。堵住暴雨之後，女媧又從洪水中救出僅存的人族，將他們放在崑崙之上——這才爲人族留下了繁衍的種子。
洪水退去後，華胥部族離開了崑崙回到的故土，就在今日的元極國砥州。
女媧經過煉石補天和引洪入海，已經是精疲力竭。她挑選了一個地脈充盈的地方造了一座極簡單的后土殿，只有瑤曦一人爲伴在裏面修養。爲了防止外界的干擾，女媧還在入口處造了一片禁林。屠天得知女媧元氣大傷，便來離開華胥部落，來到禁林守護着后土殿。
伏羲帶着剩下的人族從新開始了原始生活。在伏羲的領導下人族很快就開始繁衍生息，幾十年後就過上了平安富足的生活；在千年之內就恢復到了災難前的水準。接下來，歷史再一次重演：華胥族又分裂成無數的部族，部族間又開始了互相殺戮。
伏羲雖然有與九州同壽的天命，但是多年的嘔心瀝血已經讓他不堪重負、快速衰老；他只好去向媧皇尋求幫助。而那時媧皇的力量也僅僅恢復了不到一成，無奈之下她只好讓瑤曦代替自己和伏羲回到了華胥部落，以此來震懾諸部。
燕朗又問：那女媧是怎麼身滅的呢？你又爲何會來到這裏？
伏羲寫道：我一直在查找媧皇身滅的真相，卻始終沒有結果。
