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一段時間後，各地的忍者村落開始出現一些奇怪的事件。忍者之間莫名發生衝突，重要的物資被盜，甚至有一些忍者離奇失蹤。這些事件引起了晴明的警覺，他決定派遣學生們去各個忍者村落調查真相。
學生們分成幾個小組，奔赴不同的村落。在調查過程中，他們發現這些事件背後都有一個共同的線索——一種特殊的黑色印記。這個印記出現在案發現場，似乎是暗影議會留下的標記。
隨着調查的深入，學生們逐漸接近了真相。原來，暗影議會在暗中控制了一些忍者，利用他們製造混亂。這些被控制的忍者失去了自我意識，完全聽從暗影議會的命令。
其中一組學生在一個偏遠的村落中發現了暗影議會的一處祕密據點。他們小心翼翼地潛入據點，卻不小心觸發了警報。瞬間，一羣黑影從四面八方湧出，將他們團團包圍。
這些黑影忍者實力強大，學生們陷入了苦戰。但他們沒有退縮，憑藉着在學院學到的忍術和團隊協作精神，與黑影忍者展開了激烈的戰鬥。
在戰鬥的關鍵時刻，一名學生髮現了黑影忍者的弱點——他們對強光十分敏感。於是，他迅速施展火遁忍術，製造出強烈的光芒，黑影忍者們頓時出現了短暫的混亂。
學生們抓住這個機會，發動了猛烈的攻擊，成功擊退了黑影忍者，並從據點中找到了一些關於暗影議會的重要情報。
他們將情報帶回學院，晴明仔細研究後，發現暗影議會正在策劃一場更大的陰謀——他們企圖在即將召開的忍界聯盟大會上，對各個忍者村落的首領發動暗殺，從而徹底掌控忍界。
晴明深知事態的嚴重性，他立刻與各個忍者村落的首領取得聯繫，將暗影議會的陰謀告知他們。同時，他組織學院的學生們和各個村落的忍者們一起，制定了詳細的防禦計劃，準備在忍界聯盟大會上給暗影議會一個迎頭痛擊。
忍界聯盟大會的日子終於到來，各個忍者村落的首領齊聚一堂。晴明和他的學生們隱藏在暗處，密切關注着周圍的動靜。
