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顯然,方以智認爲,光的產生是由於氣受到激發的緣故。由於氣瀰漫分佈於所有空間,彼此間無任何空隙,被激發的氣必然要與周圍靜止的氣發生相互作用,“摩蕩噓吸”,將激發傳遞出去,這就形成了光的傳播。由此,方以智所描述的是一種樸素的光波動學說。爲了與近代光的電磁波動說相區別,可以稱之爲氣光波動說。

從氣光波動說的角度出發,方以智進一步提出了光不走直線的主張,他把它叫做光肥影瘦,認爲光在傳播過程中,總要向幾何光學的陰影範圍內侵入,使有光區擴大,陰影區縮小。他並且指出,由於光肥影瘦現象的存在,使得基於光線直徑性質進行的測量得到的結果都不準確。他說:

“物爲形礙,其影易盡,聲與光常溢於物之數,聲不可見矣,光可見,測而測不準矣。”

爲了證實自己的觀點,他還做了小孔成像實驗,並且努力用自己的理論去解釋常見光學現象。所有這些,在物理學發展史上,都是很新鮮的。

另外,他對於光的反射和折射,對於聲音的發生、傳播、反射、隔音效應,對於色散,對於煉焦、比重、磁效應等諸多問題的記述,都是領先於同時代人的。

在生物醫學方面,方以智也有諸多值得一提之處。他在其《物理小識》一書中,記述有大量動植物的生態學內容和栽培、管理等知識。他引述了傳教士“腦主思維”之說,介紹了他們關於人體骨骼、肌肉等方面的知識,認爲中西之學各有所長,嘗言西醫“詳於質測而拙於言通幾”,故引用湯若望之《主制羣徵》中西醫之解剖學,介紹於國人,但剔除了傳教士所說的“全能的上帝創造世界”之類的內容。他自己對於傳統醫學也素有研究,撰有多種醫學着作。遺憾的是這些着作傳世不多,我們難以窺其全貌。方以智可視爲我國早期匯通思想醫家之一,於我國近代醫學發展史上有一定影響。

方以智其學博涉多通,自負要把古今中外的知識熔於一爐,發明千古不絕的道理,是明清之際的一位有進步社會思想和唯物主義觀點的哲學家。所着《東西均》中提出“一而二,二而一”的命題,概括事物的矛盾和矛盾運動,認爲事物都是“相捄相勝而相成”,體現出唯物主義和樸素的辯證法觀點。方以智對中國傳統自然科學和由利瑪竇、徐光啓傳入的西方科學作了記述、考辨,把整個科學技術按其對象,區分爲“質測”(自然科學)、“宰理”(社會科學)和“道幾”(哲學)三大類。他還立志邀集專家編譯綜合百科全書,但這個宏願未得實現。

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