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731部隊把基地建在華國東北哈爾濱附近的平房區，建有佔地300畝的大型細菌工廠。這一區域當時是傀儡政權滿洲國的一部分。
一些研究者認爲超過10,000名中國人，朝鮮人，以及聯軍戰俘在731部隊的試驗中被害。
另外，據日本作家森村誠一在《惡魔的飽食》中稱，通過“特別輸送”進入到731部隊的“馬路大”需要進行編號，而從1939年以後，進行了兩輪編號，每一輪編號極限爲1500，於是在抗戰結束時，共計有3000人死於此。但是對於數量的多少還存在爭議。
日本投降前夕，匆忙撤退，爲毀滅罪證將工廠炸燬，大批帶菌動物逃出，給當地人民帶來巨大災難。
1940年7月，日軍將所攜細菌投入蓄水池和居民區，造成寧波一帶鼠疫等傳染病流行。
與此同時，日軍“七三一部隊”另一支遠征隊在南京“榮”字第一六四四部隊配合下，攜帶130公斤的炭疽菌、副傷寒菌和鼠疫菌，到重慶以及浙贛鐵路幹線的金華、龍游、衢縣、玉山、浦江進行細菌戰，造成被污染地區傳染病流行，大批居民死亡，許多戶全家死絕。
更慘無人道的是，日軍還將注射有傷寒菌和副傷寒菌的大餅分發給南京戰俘營的3000名戰俘食用，然後將戰俘釋放出獄，藉以傳播疾病。
