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這項戰鬥任務頗爲艱鉅，儘管血巢和街道上的喪屍已被肅清，但建築內部和地下仍殘留着大量喪屍生物或變異生物。
然而，在進入這些狹窄的建築空間後，笨重的動力盔甲反而限制了士兵的戰鬥力。經過一個月的戰鬥，第三軍團終於清理了舊上青市地表90%的建築。但這並不意味着任務即將完成，因爲還有80%的地下面積未被清理。
超單體建築的地下室、地鐵、下水道、地下避難所等繁瑣複雜的地下結構構成了舊上青市的地下建築羣。這些地下空間相互連接，在戰時確實起到了庇護城市居民的作用。但在末世後的四十年裏，這裏卻成了變異生物繁殖的巢穴。
在清剿地面建築內部時，第三軍團遇到的大多是喪屍突變體。但地下的下水道和地鐵相對更加複雜，內部空間也更爲龐大。在這裏，第三軍團的推進速度明顯慢了許多，因爲盤踞在這裏的變異生物更多。甚至有不少能與異種相媲美的變異生物，給沒有重火力支援的步兵造成了較大傷亡。
在巡視市中心部分區域時，馮俊目睹了第四軍團的一支小隊正用拖車從地鐵隧道中拖出一條變異巨蛇，其粗細堪比地鐵列車，長度接近一米。
巨蛇的鱗甲已進化至類似鱗甲屍鱗片的硬度，普通爆彈和激光武器均無法對其造成有效傷害。最終，巨蛇因誤吞一枚電漿炸彈，頭部被內部爆炸炸燬。
巨蛇的屍體被拖出放置在街道上，由於蛇鱗異常堅硬，士兵們不得不更換了四把鏈鋸劍才切開蛇腹。蛇腹內除了大量粘稠的內臟外，還有各種處於半消化狀態的變異生物，甚至包括部分喪屍異種。而這僅僅是第三軍團在地下遇到的衆多恐怖變異生物之一，有些甚至比異種還要可怕，只是名字難以盡數。
從巨蛇心臟處找到了一枚基因種子，馮俊命令在場指揮官將其呈上。這顆基因種子體積略大於異種體內的基因種子，呈雞蛋大小，青綠色。
