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華麗大型慶典也結束了，小智卻接到了達馬嵐奇會長的電話，希望他能幫助寶可夢護林員完成一項任務。
小智一問集合地點，就在枯葉市附近的濱海。小霞卻要趕緊回去華藍市，在石英高原跟小智分別了。
小遙也準備好了，跟小智去趟濱海後，帶小勝回趟家，就去成都地區找小瞬。
小智和小剛要去神奧地區，小勝也想回家將這快一年在小智和小剛身上學到的東西學以致用，幫助千里照顧橙華道館中的寶可夢。
在解決完這次的事情後，四人的旅行隊伍也將結束了！
......
濱海附近的海底，一艘巨大的潛艇正在朝海中的一顆紅色圓形被黃色光電纏繞透明的藍色精靈蛋靠近。
這顆精靈蛋被一個玻璃罩子帶進了潛艇中。
船長打扮的大叔癡迷的看着眼前的精靈蛋，毫不掩飾自己的野心，大笑道：“這個東西將會實現本大爺的野心，你等着吧，海之王冠！”
大叔是這艘潛艇的船長名叫幽靈！
