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這世界上不會有比他更倒黴的偵探了吧。
曾經梗着脖子不願承認自己真倒黴的工藤新一默默嘆氣，三個月前，他和小蘭一起去遊樂園玩，還處理了一起兇殺案。準備離開遊樂園的時候，工藤新一發現了兩個不對勁的黑衣男人，進而目睹了他們進行祕密交易的現場。
倒黴如他，被打暈，然後餵了藥。
幸運的是，工藤新一沒有死。
不幸的是，工藤新一縮小了！
工藤新一縮水到七歲的年紀，又因爲招惹到神祕組織而不得不化名江戶川柯南，住進了毛利蘭的家裏。他人縮小了，但推理能力沒有縮水，而毛利蘭的父親恰好也是一位偵探，就是挺不靠譜的。
感謝阿笠博士的種種發明，讓他一麻-醉-針放倒毛利叔叔，藉助他的身份繼續推理破案。
名偵探的本事不是吹出來的，陰差陽錯下，毛利叔叔屢破大案，成了備受媒體追捧的“沉睡的小五郎”。
工藤新一倒是不介意將榮譽都送給毛利叔叔，就是看着整日憂心忡忡的毛利蘭，他實在有些心虛。
不將真相告訴毛利蘭，主要是想要保護她，畢竟，那個餵了他藥的神祕組織在暗，發現他沒死，轉而盯上小蘭就糟糕了。還有一點原因，就是工藤新一不想挨青梅的打。
