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當時中國的駐日公使是汪鳳藻。
駐在漢城的袁世凱也誤解了日本政府的真意。汪鳳藻從東京發來的情報往往是不真實的，而袁世凱在漢城同日本使館人員接觸，得到的“日本的意圖”的印象也是完全錯誤的。
駐朝鮮的日本公使是大鳥圭介。他兼任駐中國公使，對於朝鮮，他的觀點是日清同盟論，主張日、中兩國合作，改革朝鮮政治，排除西歐列強的干涉。
大鳥的日清同盟論後來竟成爲一種掩蓋日本真意的煙幕。但大鳥本人並無此意，他曾認爲日清同盟論是最善之道。
對朝鮮的方針，東京的外交部與軍部之間還未能取得一致。外交部希望實現它的至上目標：修改條約，儘可能不惹起軍事行動。而軍部則設想同中國如何作戰，並制訂了作戰計劃。
東學黨之亂激烈的時候，大鳥正在日本，暫由杉村浚代理公使，據陸奧宗光的《蹇蹇錄》記載，五月時杉村報告：
東學黨之亂，雖爲近年來朝鮮罕見之事件，但不必認爲這些亂民具有足以推翻現政府之勢力。視亂民所指之方向，似有必要派來少量軍隊，以保護我公使館、領事館及僑民等。情況雖難預卜，但目前漢城平穩，釜山、仁川等地亦無須擔心。
杉村駐朝鮮多年，通曉朝鮮國情，所以日本政府對他的報告深信不疑。從結果來看，杉村也和袁世凱一樣，把東學黨的力量估計過低了。
日軍參謀本部爲了收集朝鮮情報，把伊地知幸介少佐派往釜山。5月30日伊地知少佐返回東京，向川上參謀次長做了彙報。據此，參謀本部做出判斷：“朝鮮政府一定會向清政府求援，而清政府也一定會應允。”
