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到了三級文明，有關克隆，已經研究到了分子水平，也就是分子克隆！
什麼是分子克隆呢？
在分子水平上提供一種純化和擴增特定dna片段的方法。常含有目的基因，用體外重組方法將它們插入克隆載體，形成重組克隆載體，通過轉化與轉導的方式，引入適合的寄主體內得到複製與擴增，然後再從篩選的寄主細胞內分離提純所需的克隆載體，可以得到插入dna的許多拷貝，從而獲得目的基因的擴增。
分子克隆是指分離一個已知dna序列，並以vivo內方式獲得許多複製品的過程。這一複製過程經常被用於增加並獲取dna片段中的基因，但也可用來增加某些任意的dna序列，如啓動子、非編碼序列、化學合成的寡核苷酸或是隨機的dna片斷。
將dna片段或基因與載體dna分子共價連接，然後引入寄主細胞，再篩選獲得重組的克隆，按克隆的目的可分爲dna和cdna克隆兩類。
cdna克隆是以rna爲原材料，經體外反轉錄合成互補的dnacdna，再與載體dna分子連接引入寄主細胞。每一cdna反映一種rna的結構，cdna克隆的分佈也反映了rna的分佈。特點是:
有些生物，如rna病毒沒有dna，只能用cdna克隆;
cdna克隆易篩選，因爲cdna庫中不包含非結構基因的克隆，而且每一cdna克隆只含一個rna的信息;
cdna能在細菌中表達。cdna僅代表某一發育階段表達出來的遺傳信息，只有基因文庫才包含一個生物的完整遺傳信息。
