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時光如白駒過隙，轉眼間便是隆武二年。臘月二十八的時候，陰世綱、盧九德、郭追等山東重臣迎奉朱聿鍵回到南京。去歲八月份的時候，長達兩個多月的南京保衛戰剛剛落下帷幕，整個金陵城內城外到處是滿目瘡痍，閻應元和陳明遇都在戰鬥之中受了傷，如今正在調養治療，恢復南京政事的擔子便落在了史可法、陳子壯、朱和畑、徐文爵等一衆文官和勳貴的身上。即便是盧九德這樣的資格甚老的內官也在其中出力不少。
清軍圍城兩月，始終未能攻入南京內城，皇城的宮殿得以完整的保存下來。朱聿鍵甫一入京，便急匆匆的叩拜宗廟謝罪，此番遭遇鄭芝龍的背叛，也令他倍受打擊，一連兩月的奔波、憂慮、愁思，使得朱聿鍵在進入南京城之後的第二天便病倒了。
朝廷政務自有史可法、陳子壯、盧九德等人打理，軍務則由李巖、朱大典和陳上圖等人主管，朱聿鍵的一干心腹之人黃道周、周之藩等是萬萬插不上手了，就連鄭森的兩萬兵馬都被拒之於南京城外，嚴令不得隨意入京，鄭森只能帶着陳澤、周全斌、甘輝等心腹將領隻身進入南京。
如今，朝野之間都清清楚楚，睿王上位已經是大勢所趨，不能阻止了。
新年之間，由於隆武朝廷直到現在纔有喘息之機，所以一應朝賀的典儀是在所難免的，包括祭天祭祖，重修太廟，恭迎歷代皇帝再度迴歸供奉之所等等，一直忙碌了一個多月纔算告一段落。
睿王府的軍機處，包括朝廷的臨時內閣這些時間都是忙的馬不停蹄。但一切軍政要務卻是全部由趙光抃、陰世綱、朱大典、史可法、張煌言、陳子壯這些嫡系或者朱平安的擁護者所把持，旁人是萬萬難以插手的。就連新年之後的第一次朝會，都大有冷場的趨勢。
新年伊始，又恰逢大亂之後皇帝還朝，對於有功將士的封賞是必不可少的。內閣和睿王府軍機處早已拿了一個章程出來，所謂的請皇帝御覽也不過是走一個程序而已。
各地的督撫和三司衙門主官除了殉國、投敵的之外。其餘的基本是沿用了義興朝時的老班底，這個舉措看似簡單，但卻在很大程度上安撫延攬了人心。
只有沿用了三百年的軍制，卻在此時悄無聲息的發生了變化。以往的軍戶制度雖然沒有大刀闊斧的砍個乾淨，但已經是名存實亡。軍機處和臨時內閣聯合出臺的方略，其實便代表了朱平安在山東以來這麼多年積累下來的變革意見，經歷了這麼多年險些亡國滅種的變亂，軍制不變是絕對說不過去的。
