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原先的六部依然保存，但兵部卻是被劃分出來。歸於軍機處的直接統轄之下，自此之後，兵事衙門也將自成一體，由軍機處直接統管。除了兵部之外，還成了後勤裝備部，將全面負責整個天下兵馬的一切供給。各省設立總兵府，由軍機處統一任命各省總兵，爲當地最高兵事主官。但五年輪換一次。爲防止總兵獨攬兵權，更名爲監察部的督查室則將派駐武官至各省。擔任總兵副手，即各省都指揮同知，負責協助總兵管理各省的兵事。同時，四品以上官員俱都享有密摺專奏的權利，可以直達天聽，向軍機處和皇帝稟告一應事宜。
自義興、弘光兩次變亂之後。又經歷了鄭芝龍、滿清八旗南下的事情，朝中的文官集團元氣大傷，對於朱平安集團提出的變革方略，完全失去了抵抗反對的能力，就連朱聿鍵也無能無力。只能是匆匆的下詔用印推行天下。
熱熱鬧了一陣，朝堂之上重新歸於平靜，大部分朝臣們都面面相覷，不知道接下來該做什麼好，只能將目光投向如今臨時內閣和軍機處的一衆重臣身上。
果然陰世綱接下來提到的一件事情便勾起了衆人的興趣。那就是關於吳三桂的處置意見。
楊廷麟的山陝兵團入蜀，王應熊的四川兵馬和大西軍孫可望等人的餘部盡皆表示歸順朝廷，三路兵馬圍剿洪承疇所部，要不了多少日子，清軍最後的殘餘部隊就將灰飛煙滅。對於洪承疇這種曾經喪師辱國、而後又傾盡全力爲滿清謀劃南下的亂臣賊子，自然是要全力剿滅、抄家滅族。
本來接下來便要輪到盤踞在廣西的吳三桂，但這個吳三桂卻是搶在前面，先一步剿滅了永曆朝廷的叛軍，殺了瞿式耘不說，吳三桂卻又在慶遠府親手絞殺了永曆皇帝朱由榔父子，聲稱自己將投效隆武朝廷，此舉便是爲了朝廷誅殺叛國之徒。同時還將自己的兒子吳應熊和其餘子侄以及清廷賞賜的王冠、車馬、印綬全部送到了張名振的軍中，充分表達了自己的悔改、歸順之意。
那麼，朝廷要如何對待這個曾經的叛徒呢？如果要一意孤行，將其斬殺，顯然是不太合適的，吳三桂已經以朱由榔父子的性命爲進見之禮，獻上了自己的誠意，而他又和洪承疇有些區別，畢竟他並沒有大張旗鼓的公開投靠清廷，一直是以爲崇禎皇帝復仇爲旗號，不得已才投靠清廷的面目示人的，朝廷中不少人都對其心懷同情。
這次又以十萬大軍、廣西全境來投，一路上又斬殺了袁繼鹹這樣的割據藩鎮和朱由榔這樣的叛臣，現在的朝堂之上，除了已經改封爲忠孝伯的鄭森對其恨之入骨，恐怕也沒有人願意將其划進必殺之列。
一時之間，朱聿鍵也頗有些躊躇，看着在御階之下叩首不已，咬牙切齒的要求殺了吳三桂爲父報仇的鄭森，心裏也有些拿不定主意。
