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不過這樣一來又涉及到另一個問題，因爲前一段時間戰事緊張，穆陵軍的擴張比較快也比較混亂，連商毅也搞不清楚現在穆陵軍到底有多少人，估計大約是在二萬二三千左右，另外還有約四五千的民兵。那就是現在商毅手下會是士兵的家屬，如果士兵們還是繼續當兵訓練，那麼分配給他們的土地誰來耕種呢？
按明朝的衛所制度，是一種半軍半民，耕戰結合的制度，士兵平時就是農民農忙時耕種，農閒時操練，有戰事時抽調整編出戰。應該說在亂世時候，這是一個比較好的制度，因爲有了土地之後，會增加士兵的責任感，在作戰就是爲了保衛自己的家園，同時也保證了糧草的供應。因此在明朝的早期，衛所制度還是發揮了十分集極的作用。
對於周世奇、唐鎮、孫和鬥等人來說，也都傾向於繼續保持這項耕戰結合的制度，既使是爲了以後的征戰，也只用保留五千左右的專職士兵就夠了，其他人還是該解散回家一邊務農一邊操練。這樣既能保證軍隊的數量，也能兼顧農業生產。
但商毅知道，現在留給自己的時間並不多，一年以後大明就完了，而清軍也將正式入關，那時的局勢困難比以前會更有過而不及，因此必須建立一支職業軍隊，在輔之以一定民兵軍隊纔行。於是力主一定要建立一支人數在一萬五千到二萬左右的專職軍隊，其餘的人可以按民兵編組，半農半兵。
當然這個理甴商毅是沒法說出來，但他對衆人強調的是，現在清軍雖然退了，但流寇的活動依然十分頻繁，而且以經席捲中原，說不定什麼時候就打到山東來，而且自己也有可能會被朝廷調遣，去平定流寇，因此也有必要保留相當專職軍隊數量纔行。
甚於士兵家裏的土地無人耕種的問題，商毅也早以經想出了一套規定：
一、在穆陵軍重新整編之後，毎一名正式士兵的服役期爲六年，在服役期內，除了能夠拿到軍餉之外，毎名士兵的家庭可以分配到一百畝免稅土地。等服役期滿之後，土地的所有權就屬於士兵個人所有，並享受免役減稅的待遇。
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