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要不是當時後金興起，明朝還需要這夥傳教士幫助鑄造火炮，而且又多虧了徐光啓等人上書，極力分辯，萬曆皇帝才撤除禁令，傳教士才得以繼續傳教。但傳教事業卻大受打擊，雖然過去了二十多年，但也沒有恢復到利瑪竇開創的局面。這也時湯若望看重商毅的緣因，他現在迫切希望中國能夠找到第二個徐光啓。
雖然“南京教案”發生之後，龍華民被迫也做出了一些改變，但在本質上，他還是不讚這些不純正的傳教方式。不過湯若望的宗教信仰並不少於龍華民，但在變通方面卻比龍華民強了許多，同時他在明朝的影響力以經遠遠高過了龍華民，因此完全可以繞開龍華民，按自己認爲正確的方式傳教。用中國話，這就叫做“天高皇帝遠，誰也管不着”。
想通了這一點，湯若望對商毅道：“那麼，商將軍，既然您願意爲我們的傳教事業提供幫助，那麼需要我們爲您做些什麼？”
商毅一聽，也不禁好笑，湯若望在中國呆久了，也學着上道了，也知道天下沒有免費午餐的道理。
不過話挑明瞭就好辦了，在“無利不起早”這一點上，老外確實比中國人實在，明碼實價，決不遮遮掩掩，那怕是洋和尚也不列外。因此兩人經過一番協商之後，馬上就達成了幾點協議：
一、商毅將在自己的管轄區和職權範圍內，爲傳教士傳教儘可能提供一切的有利條件，並劃定修築教堂的地區給傳教士，可以隨着管轄區的改變，而享受同樣的條件。傳教士的傳教方法商毅不進行干涉，但必須尊守商毅本人的命令，同時有義務配合商毅來應付朝廷的法令。
二、允許傳教士在商毅管轄區的公開場合內傳教，但不經商毅允許，傳教士不得在官府、軍隊、學堂（傳教士自辦除外）等地區及周邊三百米的範圍傳教。同時也不得強迫居民信教，與其他宗教發生衝突時，交由官府處置，不得私下以暴力行爲結決。
三、傳教士有義務向商毅管轄區的各種學院的學生、士兵、工人教授指定的知識，幫助工廠提高生產技術水平，並且幫助商毅收集翻譯指定的書籍，到澳門、馬尼拉等地僱傭所需的歐州技術工人，及完成商毅指令完成的其他任務，但不得在此其間趁機傳教，拉隴教徒。
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