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行政班子建立起來之後，商毅的事情也減少了許多，可以把主要精力都投入到軍隊建設和軍事後勤建設中去。槍桿子裏出政權，在任何時代都是名副其實的至理名言。因此商毅也十分清楚，軍隊纔是自己在這個時代立足的基礎。沒有一支強大的軍隊，其他一切神馬都是浮雲。
目前駐浙江的商家軍一共有四個正式團，兩個特種營，鋪兵兩千多人。共有名類火槍八千多枝，各種大小火炮兩百餘炮。雖然和這個時代的明軍相比，商家軍的火器比重以經很高了，但依然還是出現了很大的缺口，目前只有二、三、五團是裝配全額的火槍火炮，新組建的第六團雖然也進行了火槍射擊訓練，但還沒有裝配上火器。暫時還是隻能使用冷兵器。
不過在招兵方面，還是頗有成效，商家軍入駐杭州一個多月，以經招募了兩千多名新軍，現在預備軍也有近三千人。另外還收隴了相當一部份在叛亂中被打散的明軍，也有三四千人，商毅將他們全都編到預備軍中一起訓練。如果再加上昌國衛的四千多人馬，現在商家軍後預備軍又有一萬左右，差不多又能編成三個團。
同時商家軍還有近三萬俘虜大軍，經過了幾個月的強制勞動改造之後，其中有一部份人的表現相當不錯，商毅也預備，在開年之後，從俘虜中選拔一批人出來，補充到軍隊中來。而且這本來就是他計劃中的事情。
但這樣一來，火炮火槍的缺口就更大了。但這也是沒有辦法的事情，現在兵工廠的建設纔是初居規模，就算是部份投產，至少也要等到明年二三月的時候。現在杭州只能配製槍炮的彈藥，而其他從穆陵關遷過來的工匠和商毅在南京要來的工匠，只能暫時在孫和鼎的指揮下，做一些準備工作。而真正想要達到滿足全軍的供應，至少要等到一年以後。但到那個時候，軍隊的規模又會進一步的擴大，看來總是一個矛盾的問題。
在資金的物資方面，商家軍南下之後，先坑了張獻忠一把，在浙汢又吞了叛軍搜刮的錢財，在入主杭州之後，共有存銀一百三十多萬兩，不過現在花得也兇，一下差不多用去近三十萬兩。山東那邊還有約六十萬兩的存銀，總體來看供應一二年應該沒問題。而在糧食儲備方面，現在以經屯集各類米、面、雜米三十餘萬石，也很充足。有糧有槍，心裏不慌。
不過絲綢廠雖然開業了，但想等到有收益，至少也要到半年以後。這事也急不來，畢竟這塊根據地纔剛剛打下來，百廢待興，一切只能慢慢的來。
而在海軍方面，商毅陸續調集浙江各海防衛所的戰船，到是又弄到六十多艘戰船，不過基本都是昌國衛那樣的四百料、二百料小船，不過也是聊勝於無，想形成海上的戰鬥力，還差得很遠。
另外商毅定購的三艘一千料大船都以經開始在胡濱江的造船作坊裏開始修建。在杭州建造的船廠也以經選好了地址，就在杭州府和嘉興府交界的海鹽鳳凰山腳下，裏杭州城大約有五十里的路程，這時也以經開工建設，商毅拔調了五千俘虜勞動力，參與船廠的修建工作。而商家軍新成立的海軍也駐紮在造船廠附近，一面練軍，一面也是管理俘虜。
