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泰山封禪的風波剛剛平息下來，但南京馬上又發生了另一件重大事情，其影響範圍，持續的時間，都遠比泰山封禪的事件要大得多。
就在李華梅到達南京的當天，由河南、河北、陝西、山東、北京等省地區的一些知名學者的組織下，一共聚集了三百五十八名學孑學者，一起聯袂進京向內閣聯名上書請願，這份請願書洋洋一共寫了近萬言，並附有數千人的簽名，一共寫了三大卷卷軸，向南京政府提出了十二條要求，首先就是請施行古制，以仁義禮信治國；其次是罷除奇淫技巧、重視誠心正意，其他還有限制商業、禁止開海、恢復科舉舊制、逐驅天主教等等內容。
李華梅在進宮途中，在馬車上看到的那一種學者，就是其中的第一批，共一百三十三人，他們趕到洪武門前聚集，跪伏於地，向朝廷遞交萬言書。而隨後另外兩批學者也都趕來聚集，這三百多人全部都跪在洪武門前，也將洪武門前的街道擠得滿滿當當。
雖然是在皇宮之前，但這些奇怪的舉動，還是引得不少南京居民遠遠的駐足觀看，而且軍隊也趕過來，不過這批人都還比較本份，只是老老實實的跪在那裏，並沒有什麼其他的舉動，於是也有一個軍官過來，告戒衆人，不要輕舉妄動。而領頭的幾個人也保證，自己不會亂來。因此軍隊也沒有驅趕他們，只是離着幾十歩遠警戒。
這時商毅正在內閣和衆官員們商議事情，聽到這個消息之後，也都大感意外，誰也沒有想到會鬧成這一步。而商毅也意識到，中國的思想衝突已經發展到一個比較嚴重的地步了。
現在中國的統治雖然穩定了下來，但新舊兩種思想的衝突卻十分激烈，而思想的分歧大體又分爲南北兩派，相對來說，北方偏保守，而南方偏革新。只是在此之前，雙方的爭話都只是停留在學術方面，最多隻是在報紙上發文，隔空互相爭論一番。而南京政府一般對於學術爭論都是釆取不干預的態度，因此對此也沒有太在意。
但在新年之後，商毅下旨堅持執行新的科舉制度，也成爲北南思想衝突激化的導火線。
原來自從宋代以後，南方由於經濟發達，教育水平也逐漸高過了北方，明朝開國之後，在洪武年間進行的幾次科舉中，南方考生的上榜率明顯要高於北方，一甲的前三名和會元幾乎都是南方人，而狀元更是全被南方人壟斷。
